При назначении Михаила Илларионовича на новую должность исходили из того, что боевой, широко образованный генерал, тактичный и воспитанный, имел к тому же хотя и небольшой, но весьма полезный опыт преподавательской деятельности в Соединенной Артиллерийской и Инженерной школе, которую он успешно окончил чуть более 30 лет назад. Более достойных претендентов на должность главного директора кадетского корпуса не нашлось.
В именном указе Екатерины II от 15 сентября 1794 года говорилось: «Нашему генерал-поручику Михайле Голенищеву-Кутузову всемилостивейше повелеваем быть… главным директором Сухопутного кадетского корпуса под собственным нашим ведением».
Через два дня Михаил Илларионович доложил государыне, что он вступил в командование кадетским корпусом, приняв все его дела. Вместе с делами принималось и корпусное хозяйство.
Сухопутный Шляхетский кадетский корпус был создан в 1731 году, но его официальное открытие состоялось через два года. Созданный по инициативе одного из ближайших сподвижников Петра Великого, графа П.И. Ягужинского, корпус стал закрытым военно-учебным заведением для дворянских детей от 13 до 18 лет. Корпус расположили на Васильевском острове во дворце светлейшего князя А.Д. Меншикова, умершего в сибирской ссылке.
В разное время Сухопутный Шляхетский корпус возглавляли замечательные люди своей эпохи — граф Б. X. Миних, князь В.А. Репнин, князь Б.Г. Юсупов, И.И. Шувалов, И.И. Бецкой. Штат корпуса постепенно увеличился с 56 до 600 воспитанников, которые подразделялись на пять возрастов, обучавшихся по три года в каждой возрастной группе.
К первому возрасту причислялись кадеты от 5 до 9 лет, так как прием детей в корпус начинался в возрасте не старше шестого года. Ко второму возрасту относились воспитанники от 9 до 12 лет, к третьему — от 12 до 15, к четвертому — от 15 до 18, и, наконец, к пятому, выпускному — от 18 до 21 года.
Всего кадеты обучались в корпусе на протяжении 15 лет. Принимались не только дети дворян, но и старших офицеров — штаб-офицеров. Преимущество при приеме предоставлялось детям из неимущих семей и тем, чьи отцы были ранены или убиты на войне. Родители будущих кадет давали подписи в том, что они добровольно отдают детей в учебное заведение сроком не менее 15 лет.
Сухопутный Шляхетский кадетский корпус среди прочих военно-учебных заведений являлся основным поставщиком офицерских кадров в армию. Его выпускники служили на флоте и чиновниками в гражданских ведомствах. Императрица Екатерина II, посетившая кадетский корпус, назвала его «рассадником великих людей».
С первых дней своего появления в кадетском корпусе М.И. Голенищев-Кутузов привлек всеобщее внимание — корпусных офицеров-воспитателей, преподавателей, воспитанников. Этому в немалой степени способствовала та громкая слава, которая ходила за ним буквально по пятам после двух тяжелейших ранений в голову и подвига при легендарном штурме крепости Измаил.
Сам по себе Кутузов стал примечательным человеком для юных кадет. Один из воспитанников Шляхетского корпуса генерал-майор артиллерии И.С. Жиркевич в своих воспоминаниях так описывал прибытие нового главного директора: «Вид грозный, но не пугающий юности, а более привлекательный. Кутузова я и теперь очень помню и живо представляю в голубом плаще, три звезды — две на левой, одна на правой стороне, и шляпа на голове…»
Новый главный директор сумел с первых же дней «прийтись ко двору» большому коллективу кадет, их воспитателей и преподавателей. Да иного и быть не могло — доблестный генерал-поручик имел многолетний опыт командования полком и егерским корпусом. При первой же встрече с корпусными офицерами он предложил им высказать свои жалобы и предложения. Их оказалось немало, и не только личного характера. Михаил Илларионович постарался разрешить большинство из них.
М.И. Голенищев-Кутузов вновь показал себя заботливым начальником. Он подает представление на присвоение секретарю Совета корпуса Ивану Кремпину чина коллежского асессора. Затем следует прошение в Военную коллегию о награждении генерал-майора К.П. Ридигера, подполковника кадетского корпуса, орденом Святого Георгия 4-го класса за 25-летнюю безупречную и усердную службу. Хлопочет главный директор и о назначении пенсии вдове умершего поручика П. Леонтьева, 26 лет безупречно прослужившего при корпусе.
Новый начальник проводит реорганизацию Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса, приблизив его структуру к армейской организации. Корпус был разделен на пять рот — четыре мушкетерские и одну гренадерскую. В ротах числилось 480 рядовых и 53 унтер-офицера. К ним добавлялось еще 84 воспитанника малолетнего отделения. Прием и выпуск из кадетского корпуса стали производить не через три года, а ежегодно. Окончательно новая организация корпуса вводилась с января 1797 года.