Император рекомендует Михаилу Илларионовичу самому избирать меры для сохранения армии и спасения общего дела. Более того, он пишет: «…Удостоверяясь из опыта в неспособности генерала Макка, вам не должно полагаться на его советы».
В Браунау Кутузов ожидал подхода отставших войск. После тяжелого почти тысячекилометрового марша в рядах армии насчитывалось всего 32 тысячи человек (около 6000 больных было оставлено в госпиталях), а с остатками австрийских войск под командованием генералов М. Кинмейера и И. Ностица — чуть более 50 тысяч. Артиллерия находилась еще в пути.
Русская армия оказалась единственной реальной силой, способной защитить Вену. Армия Наполеона с присоединившимися к нему баварскими, баденскими и вюртембергскими войсками (без учета направленного в Тироль корпуса Ожеро) насчитывала более 200 тысяч человек. Неприятель имел четырехкратное превосходство в силах над кутузовскими войсками.
Кутузов был крайне озабочен сложившейся ситуацией. Главнокомандующий русской армии в письме императору Францу I ответил на полученные от гофкригсрата (государственного совета) Австрии предписания со всей вежливостью, но достаточно решительно: «Я убежден в необходимости следовать присланному мне операционному плану, но, при всей моей доброй воле, предвижу великие затруднения. Если мне оспаривать у неприятеля каждый шаг, я должен буду выдержать его нападение, а когда часть войск вступает в дело, случается надобность подкреплять их, от чего может завязаться большое сражение и последовать неудача».
Тем временем у Наполеона появился новый противник. Император Александр I успешно завершил в Берлине переговоры с прусским королем Фридрихом-Вильгельмом III. Тот подписал союзный договор с Россией и Австрией и послал Бонапарту ультиматум. Пруссия обязывалась через месяц начать военные действия против Франции, если поставленные условия не будут выполнены.
Складывающаяся ситуация заставила Наполеона спешно двинуть свою армию на русскую, не дожидаясь возможного соединения ее с прусской армией. Французские войска выступили из Мюнхена в направлении к Браунау, часть сил — к Зальцбургу для обхода противника слева. Одновременно выставлялось прикрытие в Тироле от возможных действий австрийской армии эрцгерцога Иоанна.
Разгадав замысел противника, Кутузов 13 (25) октября начал отступление к Аамбаху, прикрыв свой левый фланг. Мосты через реку Инн были уничтожены. На четвертый день марша авангардные войска вошли в Ламбах. Через два дня основные силы Подольской армии вступили в Вельс.
Здесь же в Вельсе состоялся военный совет, в котором принял участие император Франц I. Русский главнокомандующий изложил свой план дальнейших действий. Он предлагал, отступая по долине Дуная и используя речные преграды Трауна и Энса, измотать силы Наполеона, затем перевести войска на дунайское левобережье, не связывая их действия с защитой Вены. Организовав на левом берегу Дуная прочную оборону, не допустить форсирования реки неприятелем, подтянуть за это время австрийские и русские войска и перейти к активным наступательным действиям.
Стратегический план М.И. Голенищева-Кутузова стал результатом глубокой и верной оценки сложившейся обстановки на театре военных действий. В замысле полководца отчетливо выражалось стремление применить против наполеоновской армии такую форму борьбы, как контрнаступление. Свое блестящее выражение оно найдет в 1812 году при изгнании великой армии Наполеона из России.
Кутузовский стратегический план не вызвал особых возражений на военном совете и был принят. Осуществить же его в условиях коалиционной войны, при отсутствии общности интересов у союзников, при взаимном недоверии друг к другу, при отсутствии единого главнокомандующего союзными армиями было чрезвычайно трудно. Только мужество и упорство нижних чинов и офицеров русской армии, полководческий талант ее главнокомандующего позволили произвести этот сложный стратегический маневр.
Первое крупное столкновение противников произошло 19 (31) октября при Аамбахе. Четыре австрийских батальона были внезапно настигнуты кавалерией Мюрата и стали отступать. Помощь им пришла от князя П.И. Багратиона, который направил из Ламбаха к месту боя 6-й и 8-й егерские полки, эскадрон Павлоградского гусарского полка и артиллерийскую роту.
Натиск французской кавалерии сдерживался на протяжении почти пяти часов. Егеря дважды ходили в штыки. Конница Мюрата понесла немалый урон, а русский отряд «ружейною пальбою совершенно положил преграду неприятельскому стремлению». Сам главнокомандующий с гордостью сообщал об этом бое императору Александру I: «Я действиями наших людей весьма доволен…» Потери войск Багратиона составили 145 человек убитыми, ранеными, пропавшими без вести и всего одно орудие.