В 1946 году самолет запустили в серийное производство на заводе № 21 под обозначением изделие «48» (тип «48»), и с 20 декабря предприятие стало сдавать их заказчику «по бою». На 31 декабря 1946 года военные получили первые 15 машин. В связи с освоением выпуска цельнометаллического самолета на предприятии пришлось полностью перестроить все производство и подготавливать новые кадры. Вчерашние столяры стали дюральщиками, слесарями-сборщиками и клепальщиками. Цельнометаллический самолет потребовал организации службы главного металлурга и главного контролера. Из состава аэродромного цеха выделили летно-испытательную станцию, подчиненную непосредственно главному контролеру.
То же самое произошло и в Улан-Уде на заводе № 99.
В частях истребитель получил официальное обозначение Ла-9. Первые четыре серийные машины завод построил в августе этого же года, но лишь с 20 декабря их стали сдавать заказчику.
В феврале 1947 года первые 30 машин с двигателями 6-й серии (ресурс 150 часов) отправили на войсковые испытания в 176-й гвардейский иап (командир — подполковник К. К. Котельников), дислоцировавшийся в Подмосковье на аэродроме Теплый Стан. Сегодня это один из районов Москвы, и его жители даже не подозревают, что полвека назад их небо содрогалось от воя авиационных моторов, а над аэродромом шли учебные воздушные бои. Воздушные бои, проведенные с реактивными истребителями МиГ-9 в ходе войсковых испытаний Ла-9, завершились в декабре 1947 года и показали, что на горизонталях Ла-9 заходили в хвост «мигам» на втором-третьем вираже, но реактивные истребители, имея большую скорость, быстро уходили от них.
В сентябре того же 1947 года в НИИ ВВС на Ла-9 испытали реверсивный винт ВИШ-107-РЭ, продемонстрировавший значительное сокращение пробега. Но до серии это новшество так и не дошло.
В 1948 году в 176-м иап создали пилотажную группу, летавшую на Ла-9. Ее возглавил Герой Советского Союза С. А. Куманичкин (впоследствии командир 176-го иап). Эта группа демонстрировала высший пилотаж на воздушном параде в Тушино в августе 1948 года.
Переход частей на эти машины проходил вплоть до середины 1951 года. Так, 19-й иап ПВО, дислоцированный на аэродроме Васьково под Архангельском, сменил английские «Спитфайры» IX на Ла-9. Одним из последних в мае 1951 года освоил новую машину 401-й иап 297-й иад.
К сожалению, сдача новых машин заказчику не обходилась без летных происшествий. Так, 23 февраля 1948 года самолету № 48210348 вследствие заедания штока цилиндра выпуска левой опоры шасси посадку в Горьком пришлось совершать на одну «ногу». Месяц спустя, 27 марта, при посадке самолета № 48990405 в Улан-Уде с сильным боковым ветром после пробега сложилась левая опора. 25 апреля (самолет № 48990413) и 14 мая на другой машине были отмечены случаи отказа тормозной системы.
А 9 июня 1949 года произошла авария вследствие отсоединения тяги управления двигателем с последующей его остановкой.