Жан-Батист Бори де Сен-Венсан во главе научного отряда, состоявшего из девятнадцати ученых, в том числе историка Эдгара Кине (1803–1875), архитектора Гийома Абеля Блуэ (1795–1853) и военного инженера-картографа Пьера Пейтье (1793–1864), высадился с фрегата «Кибела» в Наварине 3 марта 1829 года, присоединившись к французскому экспедиционному корпусу под командованием Жозефа Мезона. Здесь он встречается с начальником штаба экспедиционного корпуса генералом Антуаном Симоном Дюрье, уроженцем провинции Ланды, которого знал уже с десяток лет. Этот генерал обеспечил разжалованному полковнику дружеское содействие в научных исследованиях. Бори де Сен-Венсан, руководя своим ученым десантом, пребывал в Греции на протяжении восьми месяцев, проводя работы в Пелопоннесе, Аттике и на островах Кикладского архипелага, которые до сих пор не утратили своей научной ценности для страноведения: топографические карты, сделанные его отрядом, как считается, и поныне непревзойденного качества, а зарисовки, планы, чертежи, графические реконструкции разрушенных памятников сыграли свою ведущую роль в описании и систематизации эллинского наследия.
Новый атлас к истории Ионических островов Бори де Сен-Венсана от 1823 года
Гравюра полковника Жана-Батиста де Сен-Венсана. Настоящие и древние обитатели острова Корфу (Керкиры)
Жан-Батист Бори де Сен-Венсан. Гравюра от 1832 года вида Мессины с моря
Возвратившись из своей продолжительной научной командировки, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан в начале 1830-го да получил академическое место в Институте, ставшее вакантным после смерти Жана-Батиста де Ламарка: тогда среди прочих за него проголосовали астроном Франсуа Араго (1786–1853), анатом и палеонтолог Жорж Кювье (1769–1832), а также химик барон Жак Луи де Тенар (1777–1857). В это же время он выступает вместе со своим старым другом Пьером Латреем в качестве одного из соучредителей энтомологического общества Франции, которое было старейшим из подобных научных объединений в мире. В ходе знаменательных событий Июльской революции 1830 года, вознесших на престол герцога Луи-Филиппа Орлеанского, он храбро сражался на стороне повстанцев на баррикадах в парижском предместье Сен-Жермен. Победа, одержанная повстанцами, возвращает маршала Сульта на пост Военного министра (1830–1834), в результате чего 3 ноября того же года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан оказывается восстановленным в своем чине и привилегиях полковника Генерального штаба, которых он лишился пятнадцать лет тому назад: он продолжил службу в армии, совмещая ее со своей исследовательской деятельностью, откуда уволился в 1842 года, то есть за четыре года до своей смерти. 1 мая 1831 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан (спустя двадцать лет без одного дня) был произведен в офицеры Почетного легиона. Однако, оказавшись избранным 5 июля того же года депутатом 3-го коллежа от округа Лот-и-Гаронна (Марманд) на место своего друга виконта де Мартиньяка, он из-за своих резко прогрессивных для своего времени взглядов (в частности, заявлений против наследования титула пэрства Франции, противоречащего равенству всех перед законом) сдал свой мандат уже 19 августа на том основании, что совмещал государственную службу с постом законодателя. Опять же мандат вернулся его товарищу виконту де Мартиньяку.
В 1832 году он опубликовал свой замечательный отчет об исследовании Греции под названием «Доклад о путешествии ученой комиссии из Мореи по Пелопоннесу, островам Кикладского архипелага и Аттике», упрочивший его известность в научной среде, благодаря которому он удостоился избрания свободным членом Академии наук 17 ноября 1834 года.
24 августа 1839 года была создана Комиссия по научному исследованию Алжира подобно тому, как это уже делалось в отношении Египта (1798 год) и Мореи (1829 год): в этот период вновь завоеванный французами Алжир еще пребывал в состоянии смуты. Возглавив саму комиссию, полковник генерального штаба Жан-Батист Бори де Сен-Венсан подготовил экспедицию в эту страну, куда он прибыл в самом начале 1840 года, начав свои изыскания с древних городов средиземноморского побережья. Он возвратился из Алжира в первом квартале 1842 года, затем неустанно занимаясь отчетами о своей военно-научной экспедиции. В итоге им были опубликованы следующие произведения: «О флоре Алжира» (1843 год), «Об антропологии Французской Африки» (1845) и «Научное исследование Алжира в 1840, 1841 и 1842 гг.», Физические науки (1846–1867).
Обращение полковника Бори де Сен-Венсана в Военное министерство по поводу экспедиции в Морею от 16 мая 1833 года