В начале ноября 1941 года полк Капитохина высадился в Севастопольском порту и был послан под Перекоп. Трое суток не затихали упорные бои у села Воронцовка. На перевале. Ай-Петри полковнику Капитохину приказали командовать сводным отрядом, который прикрывал отход армии. Отряду полковника Капитохина ценою нечеловеческих усилий и больших жертв удалось обеспечить отход армейской колонны. Так и шёл Капитохин с боями до Балаклавской долины в арьергарде отходившей армии.
Подтянув войска, гитлеровцы начали первый штурм Севастополя и двенадцать дней непрерывно атаковали город с моря, суши и воздуха.
17 декабря начался второй штурм Севастополя. И снова десять суток не затихал бой на участке полковника Капитохина. 29 декабря Александр Григорьевич приказом Военного совета Приморской армии был назначен комендантом 4-го сектора обороны и командиром 95-й дивизии. Дивизия отбросила немцев за реку Бельбек.
В марте 1942 года немцы усилили подготовку к новому штурму. Истомлённые непрекращающимся обстрелом, бомбардировками, измученные голодом, атаками, севастопольцы дрались как львы. Своим редкостным даже для севастопольцев бесстрашием Капитохин снискал себе любовь и уважение бойцов и офицеров. Враги также по-своему оценили его.
Гитлеровские лётчики вместе с бомбами сбрасывали на Севастополь листовки. В листовках фашисты предлагали севастопольцам прекратить сопротивление, сложить оружие и выдать им трех человек: командующего фронтом генерал-майора Петрова, дивизионного комиссара Чухнова и полковника Капитохина.
В сообщении Совинформбюро от 4 июля 1942 года о сдаче Севастополя говорилось:
«Слава о главных организаторах героической обороны Севастополя — вице-адмирале Октябрьском, генерал-майоре Петрове, дивизионном комиссаре Кулакове, дивизионном комиссаре Чухнове, генерал-майоре Рыжих, генерал-майоре Моргунове, генерал-майоре авиации Ермаченкове, генерал-майоре авиации Острякове, генерал-майоре Новикове, генерал-майоре Коломийце, генерал-майоре Крылове, полковнике Капитохине — войдёт в историю Отечественной войны против немецко-фашистских мерзавцев как одна из самых блестящих страниц».
Дивизию, которой командовал Капитохин, перебросили под Старую Руссу, и здесь она совершила новый воинский подвиг: прорвала фронт наступающего неприятеля и отбросила его. Генерал-майор Капитохин был вызван в Ставку Верховного Главнокомандования.
В Ставке его поблагодарили за умело проведённую боевую операцию.
В тот же день Александр Григорьевич был утверждён в новой должности. Вскоре ему присвоили звание генерал-лейтенанта.
В 1944 году Капитохина послали в Югославию, в штаб партизанской освободительной армии в качестве представителя Генерального штаба Советской Армии. Там он встретил День Победы.
Капитохин не вернулся в Главсевморпути после войны, его оставили в Вооружённых Силах СССР. Несколько лет он возглавлял Тамбовское суворовское училище, готовил молодое пополнение для Советской Армии. Тяжёлая болезнь сердца вынудила его выйти в отставку.
В первый период войны полярные лётчики составили основное ядро авиации дальнего действия (АДД), из которого потом выросла могучая воздушная армия. Возглавил её Михаил Васильевич Водопьянов. Нас свела и сдружила полюсная эпопея 1937 года. Ему не раз предлагали руководящие посты в полярной авиации, но Михаил Васильевич предпочитал летать рядовым лётчиком, и самое большее, на что он соглашался, — быть начальником отряда.
В один из первых дней войны Водопьянов, прилетевший из Арктики, пришёл ко мне и сказал:
— Ты, Митрич, не сердись, но самолёты и лётчиков у тебя заберут. Я подал рапорт Верховному Главнокомандованию об организации особого отряда авиации дальнего действия. Наши полярные лётчики накопили большой опыт многочасовых слепых полётов. Будем по ночам летать в фашистский тыл, громить предприятия, военные тылы и коммуникации.
— Решение твоё одобряю, — отозвался я. — Но учти, буду категорически возражать, если захочешь забрать у Главсевморпути все самолёты. Начинается арктическая навигация, а без ледовой разведки, сам знаешь, мы её провалим.
— Об этом я подумал, — ответил Водопьянов. — Призовём только добровольцев.
— А если все полярные лётчики захотят вступить в такой отряд?
— Решим, кого взять, а кого оставить на арктических трассах. Так Водопьянов стал командиром авиации дальнего действия.
Ему было присвоено звание генерал-майора авиации. Вторым получил генеральское звание Марк Иванович Шевелев — он был назначен начальником штаба АДД и снова показал себя отличным организатором.
Михаил Водопьянов летал в первые полёты на Берлин и Кенигсберг на своём тихоходном тяжёлом бомбардировщике и успешно бомбил намеченные цели. Многие полярные лётчики пришли к Водопьянову. Проведя первый этап организации АДД и сколотив её ядро, Водопьянов подал рапорт командованию ВВС об освобождении его от должности командира АДД и остался в авиации дальнего действия командиром самолёта.