8 октября 1901 г.[270] С. О. Макаров получил копию Высочайше одобренного заключения Министерства финансов об эксплуатации ледокола. Из него следовало, что адмирал отстраняется от опытов по работе «Ермака» в полярных льдах, а судно передается в ведение Комитета по портовым делам и в дальнейшем занимается обслуживанием торговых портов Балтики. Для Степана Осиповича это означало крах всех далеко идущих планов по покорению арктических пространств. В 1903 г. он предпринял безуспешную попытку организации третьей полярной экспедиции, но на сей раз поддержки в кругах научной общественности не получил. Предполагалось, правда, использование «Ермака» для поисков пропавшей в 1903 г. экспедиции барона Э. В. Толля, но впоследствии ограничились лишь посылкой спасательной партии на гребных судах. Кроме того, еще с 6 декабря 1899 г. Макаров стал главным командиром Кронштадтского порта и военным губернатором Кронштадта. В силу этого у него оказалось гораздо меньше времени на «пробивание» своих идей. К сожалению, гибель С. О. Макарова в 1904 г. прервала его научные проекты, но опыт последующего использования ледокола подтвердил правильность его выводов.
«Ермаку» довелось принять некоторое участие в Русско-японской войне 1904–1905 гг. При отправлении на Дальний Восток 2-й Тихоокеанской эскадры предполагалось, что она после прибытия на место назначения будет базироваться в замерзающем порту Владивостока. Именно поэтому наместник Его Императорского Величества на Дальнем Востоке генерал-адъютант Е. И. Алексеев в телеграмме от 12 августа 1904 г., адресованной генерал-адмиралу великому князю Алексею Александровичу, писал: «
Вообще, «Ермака» в том походе постоянно преследовали неудачи: постоянно происходили поломки машин, причем у мыса Скаген кормовая машина отказала окончательно. Когда же командир ледокола Р. К. Фельман (капитан 2 ранга М. П. Васильев погиб вместе с адмиралом Макаровым под Порт-Артуром при взрыве броненосца «Петропавловск») отправился на вельботе к флагманскому броненосцу с тем, чтобы доложить о состоянии судна и результатах траления, он был обстрелян артиллерийским огнем с «Князя Суворова». Именно после этого эпизода на эскадре родилась частушка, которую привел А. С. Новиков-Прибой в «Цусиме»:
20 октября 1904 г. вместе с миноносцем «Прозорливый», имевшим неисправные холодильники и поврежденную носовую часть, ледокол был отослан обратно в Россию. Впоследствии З. П. Рожественский обвинил Фельмана в преднамеренном неисполнении приказаний.
В годовом отчете о работе ледокола и в одном из частных писем его командир Р. К. Фельман писал следующее: «