В 1890 году капитан 1 ранга Макаров назначается младшим флагманом Балтийского флота, в следующем году – главным инспектором морской артиллерии. Возглавив в конце 1894 года эскадру Средиземного моря, он совершил второе кругосветное путешествие. По возвращении в Россию контр-адмирал Макаров занимается разработкой капитального труда, посвященного основам ведения эскадренного боя кораблями броненосного флота. В свет он выходит в 1897 году под названием «Рассуждения по вопросам морской тактики». Став академическим учебником, он был переведен на ряд иностранных языков.
Несколько последующих лет деятельность Степана Осиповича связана с освоением Арктики. Он участвовал в постройке ледокола «Ермак», на котором в марте 1899 года перешел из Ньюкасла в Кронштадт, преодолев льды Финского залива, затем осуществил поход в Ревель. Спустя год он совершил на «Ермаке» арктические рейсы к Шпицбергену, Земле Франца-Иосифа и к северо-западному берегу Новой Земли. C 1899 года адмирал Макаров назначается главным командиром Кронштадтского порта, много работает над его устройством, пишет труд «Без парусов», посвященный обучению и воспитанию личного состава флота.
Бой «Варяга» с японской эскадрой.
Как известно было Колчаку, в планах японского командования на ведение войны с Россией военные действия на море занимали весьма важное место. На японский флот возлагалась задача уничтожить дальневосточный русский флот, тем самым обеспечить полное господство на тихоокеанских просторах, прежде всего в Японском, Желтом и Охотском морях, а в итоге беспрепятственную высадку японских сухопутных войск в Корее, на Квантунский полуостров, Сахалин и Владивосток. Особое внимание уделялось фактору внезапности, что, по мнению командующего японским флотом адмирала Х. Того, можно было достичь ночной атакой миноносцами русских кораблей в Порт-Артуре и Чемульпо с последующим уничтожением уцелевших из них огнем артиллерии и захватом главной военно-морской базы русской Тихоокеанской эскадры – Порт-Артура.
Командир крейсера «Варяг» капитан 1 ранга В. Ф. Руднев.
Лейтенант Н. Степин, однокашник по Морскому корпусу, поведал Колчаку, что зима 1903 года для личного состава 1-й Тихоокеанской эскадры, насчитывавшей в строю около 40 тысяч человек, выдалась тяжелой. Возникла масса трудноразрешимых проблем. Одна из них – финансовая. Военно-морское министерство в последнем квартале уходящего года выделило лишь 48 проц. средств, предусмотренных программой реорганизации русского флота на Дальнем Востоке. Прибывшие с Балтики эскадренные броненосцы «Севастополь», «Назаревич» и «Петропавловск», а также крейсер 1 ранга «Баян» требовали ремонта. Доков же в порту не было. Большой объем работы необходимо было затратить на переработку плана использования морских сил на Дальнем Востоке в связи с перебазированием в Порт-Артур части кораблей Сибирской флотилии (2 крейсера, 2 минных крейсера, 12 миноносцев, 5 канонерских лодок), в результате чего общая численность боевых кораблей в базе доводилась до 48 единиц. Эту задачу решал штаб эскадры под руководством вице-адмирала В. К. Витгефта. Тревожные вести поступали от командира отряда крейсеров во Владивостоке контр-адмирала К. П. Иессена – по его данным, японский флот приступил к проведению ряда мероприятий по приведению его в повышенную боевую готовность. Между тем и там из 14 боевых кораблей 6, в том числе крейсер «Россия», требовали текущего ремонта.
Командир «Корейца» капитан 2 ранга Г. П. Беляев.
В пятницу 23 января 1904 года командующий эскадрой вице-адмирал О. В. Старк, у которого на днях состоялась встреча с царским наместником адмиралом Е. И. Алексеевым, собрал совещание. На нем присутствовали начальники отделений штаба, командиры кораблей, комендант крепости Порт-Артур генерал А. М. Стессель, начальник крепостной артиллерии генерал В. Ф. Белый, другие должностные лица. Доклад об укомплектовании эскадры и основных положениях плана боеготовности сделал начальник штаба. Затем выступили командиры кораблей. Остро поставил вопросы связи с береговой артиллерией капитан эскадренного броненосца «Ретвизан» капитан 1 ранга Э. Н. Щенснович. Вопросы материально-технического обеспечения подняли командиры крейсеров «Аскольд» и «Диана», минного крейсера «Всадник». О задержке ремонтных работ информировал собравшихся командир минного заградителя «Амур» капитан 2 ранга Ф. Н. Иванов. В заключение выступил командующий. Он довел требования адмирала Алексеева, отдал указания начальнику штаба к 1 февраля разработать совместно с комендантом крепости план взаимодействия и оповещения, командирам кораблей – представить заявки на февраль по материальному обеспечению личного состава и проведению ремонтных работ.
Награждение Николаем II оставшихся в живых членов экипажей «Варяга» и «Корейца» на площади у Зимнего дворца 16 апреля 1904 г.
Планам, однако, не суждено было сбыться.