Дни отпуска пролетели быстро. Лейтенант Колчак получил назначение на эскадренный броненосец «Петропавловск», снаряжавшийся к плаванию из Кронштадта через Суэцкий канал на Дальний Восток, войдя в последующем в состав 1-й Тихоокеанской эскадры. «Прекрасное новое боевое судно, – писал Александр, – первое время снова вернуло меня к прежним занятиям». Пока шла подготовка корабля к походу, из экспедиции на «Ермаке» к Шпицбергену вернулся Эдуард Васильевич Толль. Он любезно принял молодого офицера, но относительно его зачисления в состав полярной экспедиции ничего определенного не обещал, так как принял уже на службу двух лейтенантов и имел два десятка заявлений от других морских офицеров, желающих принять участие в экспедиции. Для Колчака оставался реальным лишь поход на «Петропавловске».
Свое 25-летие Александр отметил в кругу семьи и близких ему людей. Было весело и шумно. Соня вызвала восхищение у собравшихся своей эрудицией, Катя – кулинарным мастерством. Шел задушевный разговор. Вспоминали детство, юношеские годы, забавные эпизоды прошедших лет. В основном же говорили о будущем. Одним оно казалось радостным и перспективным, другим – туманным. Точку зрения последних разделял и юбиляр. Пребывая в смятении, молодой флотский офицер с неподдельной радостью воспринял известие об англо-бурской войне: «Я думаю, что каждый мужчина, слыша и читая о таком деле, должен был испытывать хотя бы смутное и слабое желание в нем участвовать». Однако помыслам не суждено было свершиться.
«На Рождество, – вспоминал Колчак, – когда я сидел у себя в каюте и обдумывал вопрос о том, чтобы кончить службу и уйти в Южную Африку для занятий военным делом, мне принесли телеграмму, подписанную лейтенантом Матисеном, где мне предлагалось принять участие в Русской полярной экспедиции. Я немедленно ответил полным согласием на все условия и отправился к командиру капитану 1 ранга Греве поговорить о своем решении. Я прямо сказал, что решил выйти из военной службы, если она явится препятствием для поступления моего в состав экспедиции, и, конечно, Греве, вполне сочувствуя моим желаниям, посоветовал мне немедленно подать в запас, так как иначе списание мое с «Петропавловска», да еще ввиду моего перевода в Сибирский экипаж, затянется, а броненосец должен скоро уходить в Порт-Саид.
Адмирал Д.С. Арсеньев – начальник Морского кадетского корпуса.
Я телеграфировал лейтенанту Матисену, которого считал за командира судна, что я подаю в запас и еду, как могу скорее, в Петербург. Но выйти в запас мне не пришлось. Благодаря участию президента Академии наук великого князя Константина высшее морское начальство телеграммой потребовало моего списания с «Петропавловска» и возвращения в Петербург. Все устроилось лучше, чем я ожидал. На первом пароходе Русского общества, простившись с броненосцем честь честью, как говорится, я в первых числах января ушел из Пирея в Одессу и явился в Петербург около середины января. Встретившись с Матисеном, я узнал, что он поступал первым помощником на шхуну «Заря», командиром которой был лейтенант Коломейцев, бывший минным офицером на «Варяге», строившемся в Америке и только недавно прибывшем в Петербург. Лейтенанта Матисена я знал еще по плаванию на «Рюрике», о Коломейцеве же я много слышал, но знал его очень мало, во всяком случае, я знал его как отличного моряка, и это все, что было надо. Я поступил вторым помощником на судно экспедиции. На другой день по приезде я увиделся с бароном Толлем и согласился на все условия, которые, к слову сказать, не оставляли желать ничего лучшего в смысле положения, материального вознаграждения и проч. Я лично ни на что не рассчитывал, так как считал, что участие в такой экспедиции само по себе уже делает незначительным все остальные вопросы».
Эдуард Васильевич Толль предложил Колчаку взять на себя часть научных работ: гидрографических, гидрологических и магнитометрических наблюдений. Он рекомендовал заняться в Павловской магнитной обсерватории, чтобы подготовиться к магнитным наблюдениям для помощи астроному и магнитологу экспедиции Ф. Г. Зеебергу. Но прежде чем приступить к этим занятиям, он предложил съездить в Архангельск и оттуда в Мезень или Кемь для найма трех человек поморов из бывших на Шпицбергене или Новой Земле.