Морской устав предписывал судовым священникам вести и серьезную агитационную работу по приобщению некрещеных матросов к православной вере: «Имеющихся на кораблях басурманов, яко татар, мордву, чуваш и черемис приказать иеромонахам увещевать по правилам и в соединение в православную греческого исповедания веру скланивать всякими удобными мерами, дабы от того басурманства были отлучены и соединены к восточной кафолической церкви».
Из воспоминаний художника-мариниста А. П. Боголюбова о службе в Кронштадте: «Как и всегда, на корабль назначались в плавание монахи. Конечно, настоятели посылали на флот народ негожий, пьющий, почти что для наказания. Но дело оказывалось иначе. Флот наш тогда весь бойко пил, а потому ссыльные попадали в некотором роде в вертоград винный и пили горькую в кают-компании не хуже монастырской. Был на «Прохоре» иеромонах из валаамского скита Алексей — человек Божий, мой тезка. Я ему понравился, хотя делал с ним разные гадости, то есть пускал в бороду связанных за ножки ниткой двух больших мух, которых он, желая освободиться, давил на своей власянице. Наливал иногда в клобук; воды на донышко, так что, вдруг, набросив себе его на голову, он невольно обольется, а притом другой резвый офицер или гардемарин крикнет: «Батюшка, капитан зовет!», затем раздается общий хохот. Но зато я ему разрисовал псалтырь водяными красками и очень старательно, и мы всегда жили ладно. По воскресеньям адмирал И. Епанчин приглашал к себе второго капитана, доктора и двух-трех офицеров обедать, а попа постоянно, над которым тоже любил трунить и подпаивал его. Как видно, тоже для шутки, был сладким блюдом подан пылающий ромом пудинг с серебряной ложкой. «Батюшке, батюшке первому!» — заорал Епанчин. Батюшке поднесли блюдо. Взялся он за ложку — горяча, другой рукой — тоже не берет, стал дуть сильнее, выдул спиртуозную влагу себе на бороду, она загорелась. Затушив рукой пожар, он благословил блюдо крестным знамением, сказав вполголоса: «А ну тебя… к… матери». Адмирал чуть не умер от смеха и удовольствия и накатал батюшку до положения риз».
Несмотря на все недостатки судового духовенства, религиозное чувство, по-видимому, все же было сильно среди флотских офицеров. Свиньин приводит инструкцию капитан-командора Игнатьева, изданную в походе из Кронштадта в Средиземное море: «На корабле вашем строго наблюдать, чтобы христианский долг свято и ненарушимо был сохраняем, и имел отправление молитв и службы Божьей во все праздничные и воскресные дни. Строжайше запрещается, чтобы во время отправления молитвы никто не дерзал заниматься чем-либо другим, и чтобы при соблюдении совершенной тишины и благоговения поступаемо было с должным благочестием». В Бока-ди-Катаро тот же Игнатьев, «как добрый христианин, отслужил благодарственный молебен Спасителю».
Правда, среди некоторых выдающихся офицеров взгляд на религию, по видимому, был близок к английскому деизму XVIII века А некоторые шли дальше по тому же пути. Так, о знаменитом Лазареве Завалишин говорит, что, по его понятиям, «религия — была только необходимое политическое орудие для невежественного народа». По словам Завалишина, даже высказывал взгляд, «что, кто хочет быть хорошим морским офицером и даже вообще военным человеком, тот не должен быть христианином, и что наоборот, христианин не может быть хорошим офицером».
А главный командир Кронштадтского порта адмирал М. П. Коробка говорит: «По себе судя, не верю, чтобы мореходец… мог быть вольнодумцем. Не верю, чтобы… Вольтер, Спиноза и Дидерот, претерпев бурю или кораблекрушение, могли остаться атеистами и посмели острить язык над святою верою. Кто на воде не бывал, тот досыта Богу не маливался: справедливо гласит наша пословица». Впрочем, в Кронштадте не обходилось и без суеверия. Так, главный командир Кронштадтского порта адмирал Ханыков строго соблюдал указания таблицы Тихо-Браге «щастливых и нещастливых дней, которые в большом почете между моряками».
Увы, но, к большому сожалению, не обошла стороной Кронштадт и масонская зараза. Историк флота Д. Н. Федоров-Уайт в своей работе «Русские флотские офицеры начала XIX века» писал: «В XVIII веке масонство пустило в России глубокие корни… Ложи, о которых имеются сведения относительно принадлежности к ним флотских офицеров, как-то: кронштадтская ложа Нептуна… Ложа Нептуна…» Из наиболее видных деятелей ложи Нептуна в Кронштадте XVIII века следует упомянуть адмиралов Грейга, Барш и Спиридова.