Геннадий понимал, что с ересью нельзя бороться только мерами устрашения. Владыку удручали тьма и невежество, окутавшие некогда просвещенный Новгород. Массовые выселения наиболее образованной части населения бывшей республики привели к острой нехватке сколько-нибудь образованных священнослужителей.
В своем послании к новому митрополиту Геннадий жаловался: «Силы моей больше нет неучей ставить на церковные должности. Вот, приведут ко мне мужика на посвящение: я ему дам читать апостол, а он и ступить не умеет; я ему дам псалтырь, он и тут едва бредет. Я его прогоню, а на меня за это жалуются. Земля, говорят, такова; не можем достать человека, который бы грамоте умел: всю землю, видишь ты, излаял, нет человека на земле, кого бы избрать на поповство. Попечалуйся, господин отец, перед государями нашими великими князьями, чтоб велели училища устроить».
Борьба с ересью подвигла новгородского архиепископа и к другому подвигу. К этому времени только часть книг Ветхого Завета существовала в славянском переводе. Владыка решил осуществить полный перевод Библии, чтобы сделать ее доступным русским людям. На своем подворье Геннадий собрал группу ученых-переводчиков, среди которых выделялись новгородец Дмитрий Герасимов и принявший православие монах-доминиканец Вениамин.
Так появилась знаменитая «Геннадиевская библия», в которую вошли ранее не переводившиеся на славянский две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Неемии, Товита, Иудифь, Соломонова Премудрость, Притчи, Маккавейские книги; четыре книги Царств и книга Есфири. И хотя перевод носил на себе отпечаток влияния латинского текста, это был настоящий прорыв, сделавший Библию доступной грамотным русским людям.
В связи с истечением в 1492 году отмеренного Святыми Отцами срока конца света среди верующих усилились толки и размышления о вере. Этими настроениями воспользовались еретики, открыто подвергая сомнению основные догматы христианства. В развернувшейся острейшей полемике энергичный, но неподкованный в вопросах теологии владыка Геннадий уже не мог противостоять европейски образованным еретикам. Более того, секта нанесла ему ответный удар. По обвинению в мздоимстве Геннадий был отставлен с новгородской кафедры и лишен архиепископства.
Роль духовного вождя традиционного православия взял на себя настоятель Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий. Его возражения «жидовствующим» легли в основу знаменитого «Просветителя», надолго ставшего настольной книгой русского священства.
Известный строгим благочестием, блестящий оратор и искушенный политик Волоцкий нанес удар по человеку, которого считал главной опорой ереси — митрополиту Зосиме, который был подвержен многим порокам, в их числе пьянству и содомии. Под давлением архиепископов во главе с Волоцким Зосима был вынужден сложить с себя сан.
Тем временем в Москве ересь сплелась с интригой вокруг престолонаследия, расколовшей двор великого князя и само его семейство. Ситуация усугубилась после внезапной смерти наследника престола Ивана Молодого, сына великого князя от первого брака с Марией Тверской. Заболевшего наследника взялся лечить еврейский врач Леон, который самонадеянно гарантировал успех лечения своей собственной жизнью. Однако Иван Молодой умер, и разгневанный великий князь публично казнил незадачливого врача.
При дворе образовались две партии, из которых одна, состоявшая из наиболее знатных бояр, отстаивала права на престол сына Елены Волошанки Дмитрия, а другая — по преимуществу незнатные дети боярские и дьяки — стояла за сына Софьи Василия. По-разному относились партии и к ереси жидовствующих. Мать Дмитрия, невестка великого князя Елена Волошанка, тяготела к ереси, а великая княгиня Софья, напротив, стояла за преследование еретиков.
Сначала победа клонилась на сторону Дмитрия и бояр. В декабре 1497 года был открыт заговор приверженцев Василия на жизнь Дмитрия; Иван Васильевич арестовал сына, казнил заговорщиков и стал остерегаться жены, уличенной в ворожбе против мужа. 4 февраля 1498 года Дмитрий был венчан на царство. Но уже в следующем году Иван охладел к невестке и внуку, примирился с Софьей и с Василием; Елена Волошанка с сыном были посажены в темницу; Василий объявлен государем всея Руси.
Незадолго до своей кончины великий князь дал согласие на физическую расправу с еретиками. В декабре 1504 года церковный собор предал их проклятию и препоручил их светской власти для свершения казни. Дьяк Волк Курицын, Димитрий Коноплев и Иван Максимов были сожжены в клетках 28 декабря в Москве. Некрасу Рукавому отрезали язык и отправили в Новгород; там сожгли архимандрита Касьяна, его брата и с ними многих других еретиков. Менее виновных отправили в заточение в тюрьмы и монастыри. Судьба фаворита Федора Курицына неизвестна, вероятно, он успел бежать за границу.