Вблизи лавры находится несколько пещер: Варяжские, Кирилловские, Китаевские, Межигорские, Пироговские, Трехсвятительские и Ивановские. Они служили очень удобным местом для укрывательства в них варягами награбленного имущества.
Лавре принадлежат другие пещеры на крутом берегу Днепра: Ближние — Антониевы и Дальние — Феодосиевы. Это сложная система подземных коридоров высотой более двух метров и до полутора метров шириной.
Залегают пещеры на глубине от пяти до пятнадцати метров, причем Дальние пещеры более глубокие. Длина Ближних пещер — более трехсот метров, а Дальних — чуть менее трехсот.
В пещерах действуют по три подземные церкви, богослужения в них проходят и в наши дни. В стенах пещерных коридоров остались окошки келий пещерных отшельников, старцев-затворников, которые когда-то там уединялись и посвящали свою аскетическую жизнь молитвам и смирению.
В XV веке началось свободное посещение пещер богомольцами. Часть их была превращена в кладбище, мощи сохранились в нишах по обе стороны пещерных галерей. Среди погребенных — Нестор-летописец, автор Повести временных лет, Симон и Поликарп, авторы Патерика Печерского, богатырь Илья Муромец. Первым погребением в Ближних пещерах было погребение преподобного Антония в 1073 году, а в Дальних — преподобного Феодосия в 1074 г.
Сейчас вход в пещеры для всех бесплатный. Символической платой является свеча, которую обязательно нужно взять с собой в пещеры. Зажигается она при входе, нести ее нужно определенным образом, проводник объяснит как. Освещение в пещерах слабое, поэтому свеча выполняет еще и роль светильника. Осмотр пещер с проводником хорош, если вы идете малочисленной группой. В другом случае из-за узости коридоров последний человек в группе может не услышать его слов. Во время нашествия Батыя монахи бежали из Киево-Печерской лавры и дошли до города Почаева, где тоже вырыли пещеры. Теперь Почаевская лавра — одна из самых почитаемых святынь Украины.
Урочище «Церковщина», оно же Гнилецкий монастырь, было основано в незапамятные времена, но потом надолго забыто и заброшено. Лишь весной 1832 года настоятель Киево-Братской обители, гуляя по окрестностям монастырской дачи, обнаружил в Гадючьем логе заброшенные подземелья. В отличие от лаврских пещер, укрепленных и украшенных, эти подземелья сохранили изначальный аскетический вид. В урочище был устроен хутор Братской обители, и пещеры открылись для посещения. Паломники могли увидеть подземную церковь с уникальным четырехколонным навесом-киворием над престолом, вырезанным прямо в грунте, и монашеские кельи с лежанками и вырезанными на стенах крестами.
Оказалось, что здешние пещеры упоминаются в сборнике житий первых подвижников Киево-Печерской лавры как монастырь в Гнилеччине и что в тех пещерах любил отдыхать в уединении преподобный Феодосий.
В 1900 году началось возрождение Гнилецкой обители в виде скита Киево-Братского монастыря.
К сожалению, тогда был фактически разрушен старый подземный храм. Его расширили, а древний надпрестольный киворий уничтожили, заменив его более нарядным.
В девяностых годах прошлого века сотрудники отдела «Киев подземный» Музея истории Киева начали в пещерах археологические раскопки. В 2010 году скит в Церковщине стал мужским монастырем Рождества Пресвятой Богородицы.
В Печерском районе Киева в исторической местности Зверинец (в прошлом это были охотничьи угодья) до татаро-монгольского нашествия был монастырь, полностью уничтоженный Батыем. Случилось это в 1240 году. Урон, нанесенный городу татарами, был так велик и страшен, что о монастыре забыли надолго. Лишь в середине XIX века некий художник, делая наброски на пленэре, заметил провал в склоне и спустился туда со свечой в руке. Слабый свет выхватил из темноты человеческие черепа и целые скелеты, истлевшую одежду… Узнав о братском кладбище, власти наспех обследовали пещеры, признали их состояние аварийным и запретили туда спускаться, дабы не волновать население.
Прошло тридцать лет и оползень открыл еще два входа в подземный склеп, и теперь замалчивать страшную находку больше было нельзя.