Оссуарий Санта-Мария-ин-Пургаторио хранит останки итальянских и австрийских солдат, погибших в эпоху Рисорджименто — национально-освободительных войн итальянского народа против иноземного господства в конце XVIII — первой половине XIX века. Их кости и черепа сложены в аккуратные стенки, на многих видны пулевые ранения.
Улица Фонтанелле — район трущоб. Она проходит вдоль долины между двумя холмами, в каждом из которых множество природных пещер, приспособленных под насущные нужды: склады, гаражи, мастерские. А в одной из пещер в XVI веке складировали останки бедняков. Кладбища к тому времени были переполнены, и, чтобы расчистить место для вновь умерших, прежних обитателей могил эксгумировали и вывозили в Фонтанелле. В 1656 году в городе случилась эпидемия, и ее многочисленных жертв также захоронили в Фонтанелле, умерших от холеры 1837 года тоже. Таким образом, пещера Фонтанелле превратилась в огромную братскую могилу бедняков.
В 1872 году священник близлежащей церкви взял на себя труд упорядочить эту свалку костей.
Следуя его примеру и желая совершить богоугодное дело, неаполитанцы принялись посещать костницу и помогать святому отцу. Потом эта помощь превратилась в своеобразную игру в куклы: черепа отделили от остальных костей, им стали строить миниатюрные мавзолеи, украшать их, наряжать, давать имена, придумывать им биографии. И, конечно, обращаться к ним с просьбами о помощи. Популярна тут Лючия — женский череп в фате с жемчужной вышивкой. Считается, что это девушка, погибшая сразу после свадьбы. Ей поклонялись другие, еще живые девушки, молившие о счастливом браке. Череп Капитан тоже может помочь в устройстве личной жизни. Рассказывают, что однажды он нашел жениха для одной молодой особы и сам явился на ее свадьбу в черном плаще и в маске. Однако жених приревновал, решил дознаться, что это за незваный гость, и ударил Капитана кулаком в скулу. Тут же жених упал замертво, на черепе Капитана осталась отметина, а невеста-вдова остаток жизни оплакивала обоих.
Две мировые войны повлекли многочисленные жертвы. Неаполитанские семьи получали похоронки, но тела их близких оставались где-то далеко, в чужих холодных странах, в братских могилах. Люди шли в костницу Фонтанелле и давали выбеленным временем черепам имена своих близких.
Так продолжалось вплоть до 1969 года, когда архиепископ Неаполя запретил этот культ, посчитав его языческим. Лишь в январе 2012-го костницу вновь открыли для посещения.
Катакомбы святого Януария — это древнее, еще языческое подземное кладбище рядом с базиликой Коронования Богоматери. Лестница ведет на второй уровень, где можно увидеть несколько фресок V века н. э.: первый образ святого Януария, изображение некой доброй христианки Виталии в молитве, святых Петра и Павла. На нижнем уровне сохранилось четыре каменных саркофага, купель I века н. э. и фрагменты фресок, возможно, еще языческих.
Первые христиане собирались в этих подземельях для совместных тайных молений и здесь же хоронили единоверцев. Святой Януарий, чьи мощи впоследствии перенесли в крипту Кафедрального собора, был изначально погребен именно в этих катакомбах.
Катакомбы Сан-Гаудиозо под церковью Санта-Мария делла-Санита находятся близ станции метро «Materdei». К базилике можно спуститься на общественном лифте. Под землей от основного входа расходятся несколько коридоров, от которых отделяются более мелкие. В них расположены в несколько рядов ниши, а сами стены украшены мозаиками или фресками V–VI веков.
В XVII веке катакомбы были значительно расширены доминиканцами, организовавшими в Сан-Гаудиозо кантареллы — помещения для высушивания тел усопших.
На Пьяцетте Сан-Северо а Каподимонте расположен вход в катакомбы святого Северо (IV в.), связанные с памятью епископа Северо, выбравшего это место для своего погребения. Сохранились они хуже других: остался лишь один подземный зал с погребальными нишами. Останки самого святого Северо перемещены в городскую церковь Сан-Джорджо Маджоре.
Есть в Неаполе и капелла Святого Северо, выстроенная в XVIII веке Раймондо де Сангро — ученым, изобретателем и масоном, которого в народе считали колдуном и чернокнижником. Церковь богато украшена алхимическими и масонскими символами. В капелле множество дивных статуй: мраморная фигура мертвого Христа, словно укутанная тончайшей тканью. Другая фигура, укрыта рыбацкой сетью из камня. А в подземной крипте в двух стеклянных витринах стоят фигуры мужчины и женщины. Это скелеты, которые кажутся укутанными проволокой. На самом деле проволока — это сеть кровеносных сосудов, то ли с величайшей тщательностью скопированных, то ли натуральных, окаменевших.
Легенда гласит, что чернокнижник Раймондо проводил опыты над мертвыми телами, вливая в сосуды специальный раствор, от которого кровь превращалась в металл.