Проект расширения Музея В. И. Ленина был столь невежественно-варварским по отношению к памятникам отечественной истории и архитектуры, что вызвал широкое общественное возмущение. К тому же изменилась и общественно-политическая ситуация в стране. Даже всегда послушный Центральный Совет Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры, который по закону должен был дать согласие на строительство в зоне исторических памятников, этот проект поддержал не полностью. Одобрив общую идею, он поставил важное условие, указав на необходимость «…воссоздания бывшего Казанского собора как памятника истории государственной независимости Руси и являющегося составным градостроительным композиционным элементом Красной площади». Однако в этом предложении был пункт, который делал возведение собора почти неосуществимым: государство, разрушившее его, средств на восстановление не выделяло, а предлагало Московскому городскому обществу охраны памятников, не имеющему практически никаких доходов, «решить вопрос о финансировании» самому.
Группе энтузиастов, объединившихся вокруг Московского общества охраны памятников, не только удалось поднять общественность, но и сделать своими союзниками Патриархию и обновленный Моссовет, что было очень важно, потому что хотя отовсюду и поступали пожертвования, но их было недостаточно. Руководство Моссовета выделило недостающую сумму из городского бюджета.
Летом 1989 года начались археологические исследования фундаментов Казанского собора. 5 июня 1990 года Моссовет принял официальное решение о его воссоздании (окончание работ было намечено на 1995 год), причем — что особенно подчеркивалось — храм будет действующим. 4 ноября 1990 года, в день праздника Казанской Божией Матери, Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II был заложен и освящен первый символический камень Казанского собора.
История воссоздания Казанского храма, первого в послереволюционной Москве восстанавливаемого не только в качестве архитектурной формы, но и ради его настоящего предназначения, сложна и драматична. Множество разнообразных сил пришли в движение. Кроме явных сторонников и противников его воссоздания были и противники, скрывающиеся под маской друзей, и друзья, вынужденные публично выступать как противники. События, взаимоотношения людей, тайные и явные пружины происходившего — все это может составить содержание большой и поучительной книги. Наверное, она когда-нибудь будет написана.
Восстановлением Казанского собора с первого до последнего дня руководил ученик и друг П. Д. Барановского архитектор-реставратор Олег Игоревич Журин. Именно ему передал Барановский материалы, собранные при реставрации храма в 1925–1930 годах, и обмеры, сделанные в 1936-м. Журин исполнил завещание своего учителя. Казанский собор восстановлен в близком к первоначальному своему облику XVII века виде, как и предполагал его восстановить П. Д. Барановский.
Возрожденный Казанский собор был освящен 4 ноября 1993 года — на осеннюю Казанскую.
Сейчас в Казанском соборе, по сообщению его настоятеля Аркадия Станько, имеются четыре образа Казанской Божией Матери — образ конца XVIII века, подаренный Святейшим Патриархом, образ, написанный современным иконописцем архимандритом Зиноном, и еще два старых образа, принесенных в дар.
Чудесная помощь Божией Матери, оказанная ею России в Великую Отечественную войну, также связана с чудотворной Казанской иконой.
Осенью 1941 года, когда немцы подошли вплотную к Москве, когда руководство партии и правительства, органы городского управления и правопорядка эвакуировались, а, точнее сказать, бежали, недаром уже тогда эту эвакуацию назвали «паникой». Брошенным на произвол судьбы простым москвичам оставалась одна надежда — на Божью помощь. И помощь пришла.
Еще во время войны по Москве прошел слух, что зимой 1941 года, когда немцы подошли к Москве, Сталин велел взять чудотворную икону Богоматери и с ней облететь на самолете вокруг города. Вскоре последовало первое успешное контрнаступление Красной Армии: немцев отогнали от столицы.
Долгое время это считали легендой, но теперь уже и в печати появились сообщения о достоверности этого события.
После нападения фашистов на СССР православный патриарх Антиохийский Александр III обратился к христианам всего мира с просьбой оказать молитвенную и материальную помощь народам России.
Между тем немцы уже подходили к Москве, осадили Ленинград.