Во главе аппарата военной администрации на территории восточной Белоруссии (а также западной России) стоял командующий тыловым районом и охранными войсками группы армий «Центр»
С целью осуществления всех необходимых полномочий при должности командующего тыловым районом был создан штаб. Организационно этот штаб состоял из нескольких отделов, главными из которых в данном случае были оперативный (I), разведывательный (II) и административный (VII). Через первый отдел шло управление охранными войсками данного тылового района. Через второй – подразделениями Абвера – немецкой военной разведки.
Начальник седьмого отдела руководил военно-административными органами, которые состояли из полевых
Для выполнения указанных функций к каждому типу комендатур прикомандировывались подразделения армейской службы порядка. На территории тылового района группы армий «Центр» они были представлены тайной полевой полицией и полевой жандармерией, выполнявшими в зоне юрисдикции военной администрации соответственно следственные и карательные мероприятия. Подробнее обо всех типах силовых структур оккупационного режима и об их функциях будет рассказано ниже. Всего же за период с 1941 по 1944 год на территории восточной Белоруссии функционировало 11 полевых и 23 местных комендатур (в целом же, на территории всей Белоруссии это соотношение было таким – 18:48)[154]
.После передачи большей части Украины, Белоруссии и республик Прибалтики под гражданское управление, органы военной администрации, как имевшие временный характер, были постепенно свернуты. Однако это произошло не окончательно. Согласно директиве начальника ОКВ генерала-фельдмаршала В. Кейтеля от 13 марта 1941 г., влияние структур Вермахта должно было распространиться и на области, находившиеся под юрисдикцией гражданской оккупационной администрации. Для этих целей в обеих рейхскомиссариатах были введены должности командующих войсками Вермахта с соответствующими контингентами войск и далеко идущими полномочиями. Так, в рейхскомиссариате «Остланд» такая должность была учреждена 24 июня 1941 г. В этот день командующим войсками Вермахта на территории этой административной единицы
Командующий войсками Вермахта подчинялся непосредственно ОКВ и имел право отдавать распоряжения по всем вопросам, которые он считал необходимыми для обеспечения оккупационного режима. Зачастую решение этих вопросов происходило без учета мнения генерального комиссара. Тем не менее, они, однако, ни в коем случае не были ограничены решением только лишь военных задач. Упомянутые указания Кейтеля, напротив, настоятельно требовали: