Предвидеть это было нетрудно. Побочная сторона вопроса обрисовалась очень скоро. Возник вопрос об автокефальности кипрской церкви. На Кипре было несколько епархий, составлявших целую митрополию, и вопрос состоял в том, зависели ли они от антиохийского епископа, или были самостоятельны. Дело началось с жалобы кипрских епископов на антиохийского епископа, что он вмешивается в их дела. Если прочитать внимательно их заявления, то окажется, что кипрянам не удалось дать удовлетворительного ответа: они не подтверждали фактическими данными, что кипрские церкви были самостоятельны и сами ставили себе митрополита, а только заявляли, что так всегда было. Невозможно было в Ефесе собрать точные и подробные свидетельства но этому делу, и собор должен был принять их голословные заявления на веру и объявил кипрскую митрополию автокефальной, признав вторжения Иоанна неправильными.
Это являлось указанием на то, что все епископы, могущие представить доказательства своей независимости, могут воспользоваться благоприятными обстоятельствами. Таким был Ювеналий иерусалимский. Он повел дело столь решительно, что подчинил своей власти не только палестинские епархии, которые едва ли были в зависимости от антиохийского епископа, но также Финикию и Аравию. Иоанн антиохийский протестовал, но Ювеналий подкрепил себя императорским эдиктом, который наложил на Иоанна молчание. Такой образ действий возмутил даже Кирилла александрийского, который писал в Рим, побуждая к восстанию самого папу, чтобы он потребовал statu quo первого вселенского собора, что было неблагоприятно для Ювеналия. Но Ювеналий понимал силу обстоятельств. Догматический спор был не окончен, и Кирилл александрийский ради союза смотрел сквозь пальцы на этот захват.
Но антиохийские епископы не успокоились и воспользовались благоприятными обстоятельствами. Так как Ювеналий скомпрометировал себя союзом с Диоскором на разбойничьем соборе и на Халкидонском соборе подвергался опасности низложения, то он сделался уступчивым. Когда на Халкидонском соборе начались икономические рассуждения, то состоялось между антиохийским и иерусалимским епископами полюбовное соглашение, причем Ювеналий возвратил антиохийскому епископу Финикию и Аравию, а сам удовольствовался тремя Палестинами. Отцы собора с удовольствием встретили это проявление духа мира и утвердили их соглашение. Уступчивость Максима антиохийского объясняется тем, что положение его было непрочно, так как предшественник его Домн был еще жив, и могло возникнуть дело, которое повело бы к тому, что законным епископом сделался бы Домн, а Максим должен был бы ждать на покое, пока Господь не призовет к себе Домна. Так как его положение было неблагоприятно, то ему желательно было, чтобы на него смотрели, как на человека уступчивого и приятного. Но когда после Халкидонского собора Максим утвердил свое положение, а Домн монастырское уединение предпочел общественной деятельности, Максим понял, что сделал промах, что мог потребовать большего, и другие епископы были недовольны его уступчивостью. Максим хотел дать делу обратный ход, завел сношения с римской церковью, но ему не удалось подвигнуть папу. Соглашение на Халкидонском соборе было достаточно ярким, чтобы образовать пятый патриархат.
О титуле, конечно, не могло быть и речи, но, во всяком случае, сделался очевидным конец того порядка, который был установлен на первом вселенском соборе. Если от епископа Воскресения Христова зависели три Палестины, то он из епископа–суффрага–на делался сам архиепископом. Таким образом, Халкидонский собор доставил торжество иерусалимскому епископу: прибывши на собор епископом, он возвратился архиепископом или патриархом, хотя эти названия и не были легализированы.
На первых порах это доставило ему много хлопот: он должен был порвать связь с Диоскором и монофиситами, за что те обвиняли его в том, что он продал веру за патриаршество; они не желали видеть его в Иерусалиме, устроили несколько диких выходок против него, так что он должен был бежать из Иерусалима. Но он возвратился при помощи военной силы, восторжествовал и утвердился патриархом в Иерусалиме. Итак, пятый патриархат остался фактом.
В истории была еще попытка основать шестой патриархат или пятый восточный. Он обязан своим происхождением желанию императора Юстиниана I почтить место своего рождения, селение Ταυρήσιον. Он сделал его важным городом и назвал Justiniana Prima. Местоположение этого города неизвестно, но, может быть, он находился около Ахриды (древней Лихниды). С возвышением гражданского положения этого города, он возвысил и церковное значение его.