Против Феодора резко полемизировал уже во время собора 431 г. в Константинополе латинянин Марий Меркатор, находя у него пелагианские заблуждения и опровергая изложенную в его Символе христологию. Сам собор, осуждая его Символ, не назвал при этом его имени по «экономии», как объяснял потом Кирилл в письме к Проклу (PG. Т. 72. Col. 345: οικονομικώς ούκ έμνημόνευσε του ανδρός), дабы не оттолкнуть от Церкви его почитателей. Гонение на его сочинения поднял в 432 г. (весной) в Ефесе митрополит Ефесский Раввула, бывший в 431 г. в Ефесе на соборе вместе с Иоанном Антиохийским, но очень скоро перешедший затем на сторону Кирилла. Противодействуя утвердившемуся в Эдесском училище влиянию Феодора, он предавал его сочинения сожжению, а самого «толкователя» и «учителя учителей» анафематствовал. Почитатели Феодора, усердно переводившие его на сирийский язык, оставили тогда школу. Но по смерти
Раввулы (8 августа 435 г.) главный из них, Ива, сделался его преемником по кафедре, и авторитет Феодора опять был восстановлен.
Общее внимание вопрос о Феодоре привлек, когда проникшие и в Армению произведения Феодора побудили предстоятелей Армянской церкви обратиться к Проклу Константинопольскому, чтобы убедиться, верно ли суждение о них Раввулы и Акакия Мелитинского. Прокл отвечал в утвердительном смысле, осудил киликийских епископов, и прежде всего — Иву Эдесского, и затем исходатайствовал у императора указ об анафематствовании сочинений Феодора и самого автора; был представлен при этом ряд выписок из книг Феодора. Прокл написал в ответ на них свой «Томос к армянам о вере» и отправил к антиохийцам и к Кириллу для подписи и осуждения того учения, какое содержалось в приложенных к томосу выписках из Феодора (без его имени).
Антиохийцы одобрили томос, но анафематствовать выписки решительно отказались, так как не желали осудить Феодора, признавая этим свое согласие с ним. Иоанн Антиохийский и его собор заявили Проклу, что подобные же места можно находить и у многих других церковных учителей (Игнатия, Евстафия, Афанасия, Василия и обоих Григориев, Флавиана, Диодора, Иоанна, Амвросия, Аттика и др.), и они поэтому подверглись бы тоже осуждению. Прокл отвечал, что он не требовал и своему послу диакону Феодоту не поручал требовать осуждения лично Феодора и только не считал согласными с благочестием посланные выписки (ut pote subtilitatem non habenti pietatis). К Кириллу, внимание которого на Феодора обратил еще ранее Раввула, Иоанн писал тоже, добавляя, что и у самого Кирилла, и у Прокла в его томосе можно встречать нечто сходное с некоторыми из присланных для осуждения отрывков, да и вообще — осуждать уже умерших и их мнения неудобно, и выиграют от этого лишь защитники Нестория, если с Несторием окажется осужденным и такое светило, как Феодор, хотя бы Феодор в увлечении полемикой с ересями и допускал резкие выражения (еа quae dure a Theodoro dicta sunt, necessitate compulsus dixit).