40–50-е годы XIX в. — время особенно тяжелой николаевской реакции — были вместе с тем периодом напряженных идейных исканий передовой общественной мысли. Именно в ту пору начал читать свой курс «новой истории» Грановский. «Это был разгар бюрократического и унтер–офицерского деспотизма, рассвирепевшего от событий 1848 года, — вспоминал один из студентов Грановского Александр Северцов, — учащуюся молодежь давили формализмом, ссылками на Кавказ в солдаты за неосторожное слово… Реакция торжествовала повсюду. Университетская дисциплина делалась грубее и мелочнее». Полицейский надзор был установлен и за Грановским. Об условиях, в которых Грановскому приходилось в это время читать лекции, свидетельствует ответ попечителя Московского учебного округа Д. П. Голохвастова на секретный полицейский запрос о Грановском и о другом известном историке–медиевисте П. Н. Кудрявцеве. Отвечая на запрос, он писал, что «со времени последних событий в Европе надзор со всех сторон должен быть усилен и что если бы они (Грановский и Кудрявцев. — С. А.) позволяли себе на лекциях, посещаемых многими молодыми людьми, говорить что–либо противное духу правительства, то это никак не могло бы остаться тайной». Грановский, хорошо знавший об этом надзоре, говорил: «Я не могу быть уверен, что, пока я на лекции, не читают здесь моих, бумаг и семейных писем». В то самое время, Когда читался публикуемый здесь курс, митрополит Филарет пытался призвать его к ответу и вопрошал, почему в лекциях ученого не говорится «о воле и руке божьей». Грановский подвергался постоянным придиркам. «В каждом служителе университета — шпион», — с горечью писал он своему другу Неверову. Усилившийся нажим реакции не давал возможности Грановскому раскрывать на лекциях свои антикрепостнические убеждения так, как он это делал в курсах 40-х годов. Не случайно Северцов, слушавший лекции 1849/50 г., упрекал учителя в том, что не нашел в них привычных и желанных для студентов достаточно «резких намеков на современные события». Ответом на упрек Северцова могут служить слова Грановского: «Я иногда не могу говорить так полно и определительно, как желал бы». Однако, несмотря на известную сдержанность этого лекционного курса, и в нем слышится голос Грановского — взволнованного и чуткого современника исторических событий середины XIX в. В его лекциях, по сравнению с курсами более раннего периода, менее явственны отзвуки борьбы с охранителями, споры со славянофилами, нет таких впечатляющих рассказов о судьбах крепостного крестьянства. Это, конечно, объясняется не только трудными условиями университетского преподавания в конце 40-х — начале 50-х годов и не только тем, что история крестьянства и его борьба в позднее средневековье были, видимо, менее известны Грановскому по источникам. На характер курса, несомненно, влияло и то обстоятельство, что само мировоззрение Грановского в это время становится более противоречивым; в своих лекциях он все чаще подчеркивал необходимость мирных путей разрешения социальных противоречий.
Однако историк не поступился основами своих демократических убеждений. Он по–прежнему сочувствует бедствиям крестьян, обращает внимание студентов на народную борьбу в Германии, Франции, Чехии и скандинавских странах, защищает дело просвещения и свободомыслия, ярко рассказывая о его борцах. Грановский стремится рассматривать историю в развитии, как процесс единый и закономерный. «Прогресс истории заключается в том, что человечество становится сознательнее и цель бытия его яснее и определеннее», — говорил он в 1848 г. В курсе 1849/50 г. он по–прежнему рассматривает исторический прогресс идеалистически, прежде всего как развитие идей, науки, как постепенное достижение нравственных целей. Но здесь заметны уже и поиски новой методологии истории, новых источников исторического познания, возрастает интерес ученого к социально–экономической истории. Как бы предваряя свою актовую речь 1852 г., Грановский говорит о необходимости для лучшего понимания новой истории пользоваться «обширной сферой наук политико–экономических», статистическими данными, способными обогатить историческую науку (л. 3 об.).
Курс 1849/50 г. содержит 49 лекций, из которых публикуются лишь 43 (История Европы XV–XVI вв.). Структура курса отличается от предыдущих курсов Грановского по «новой истории» несколько иной последовательностью изложения материала и его хронологическими рамками. Так, в 1841 г. Грановский закончил курс небольшим разделом, который подводил слушателей к истории Французской революции, в 1849/50 г. лекции заканчиваются обзором истории Английской революции. В большей части лекций видно постоянное стремление ученого к теоретическим обобщениям, к выяснению коренных причин исторических явлений, однако некоторые лекции (особенно по истории Германии конца 30–40-х годов XVI в.) носят преимущественно повествовательный характер; историк подчас ограничивается сухим перечнем событий, дат, имен.