У св. Игнатия в первый раз употреблено выражение ή καθολική έκκλησία (Ad Smyrn. 8.2) в смысле вселенской Церкви в противоположность частным Церквам; в других местах он говорит просто об έκκλησία (Ad Smyrn. 1.2; Ad Polycarp. 7.1; Ad Philadelph. 5.1; 9.1; Ad Ephes. 17.1; 5.1). Эта кафолическая Церковь всюду там, где Иисус Христос (Ad Smyrn. 8.1 [-2]). Христос или Бог — ее епископ (Ad Roman. 9.1); Христос Сам обитает в составленном из верующих как между иудеями, так и язычниками едином теле Церкви Своей (Ad Smyrn. 1.2). Членами этой кафолической Церкви являются все христиане как члены Христа (Ad Trail. 11.2; Ad Ephes. 4.2). Всех их соединяет в кафолическую Церковь одна, исповедуемая всеми, вера, общее имя христиан, общая надежда (Ad Ephes. 1.2), единый Бог, явивший Себя через Иисуса Христа, Сына Своего (Ad Magnes. 8.2), единый Иисус Христос (Ad Magnes. 7.2), Крест Христа, как знамение, вокруг которого собираются в единое тело все святые и верные из иудеев и язычников (Ad Smyrn. 1.2), исторически совершившееся дело спасения, которое продолжает жить в вере Церкви и в спасительных плодах для верующих, установления Христа и апостолов, которые всюду соблюдаются в Церкви, и прежде всего невидимое обитание Христа. Эта кафолическая Церковь, к которой принадлежат следующие друг за другом поколения христианства и даже ветхозаветные праведники (cf. Ad Philadelph. 9), по своему существу и существенным элементам невидима. Несмотря, однако, на это отсутствие внешнего выражения ее совокупности и единства, единство это существенно: глава и члены, Христос и Церковь неотделимы друг от друга, и Сам Бог обещает верующим единение (Ad Trail. 11). Единство Церкви и сама кафолическая Церковь находит видимое проявление в отдельных Церквах. В противоположность кафолической Церкви, не имеющей видимой организации, поместная Церковь с внешней стороны представляется земным человеческим обществом. Но она есть Церковь, и в ней обитает Христос; а если там, где Христос — кафолическая Церковь, то она отображается и в каждой поместной Церкви, невидимое — в видимом, вселенское — в частном.
Св. Игнатий не имел повода говорить подробно о правильных формах церковной организации, так как те же три степени — епископа, пресвитера и диакона, какие были в родной антиохийской Церкви,— он находил и в малоазийских Церквах; в них совершенно не было никакой оппозиции против какой-нибудь из этих степеней, не видно следов различия во мнениях относительно разграничения полномочий каждой степени, не было возражений и вообще против наличной церковной организации. Поэтому не было повода говорить о необходимости, Божественном праве или различных правах и обязанностях церковных должностей. Только практически организация местных Церквей не представляла такого единства вокруг естественного руководителя церковной жизни — епископа, какого требовало положение малоазийских Церквей ввиду угрожающей опасности от еретиков. Ввиду этого совершенно естественно, если св. Игнатий настойчиво внушает, что нет ничего лучше мира или единства (Ad Ephes. 13). Единение миа и любви — нормальное состояние, которое он желает видеть во всех Церквах. Всякое нарушение единства препятствует действительному обитанию Бога в Церкви, в разделении — начало всяких зол (Ad Philadelph. 8; Ad Smyrn. 7). Поэтому св. Игнатий дает простое правило для практического поведения, предписание, которое каждый из верующих может исполнить: твердо держитесь епископа, пресвитеров и диаконов и ничего не делайте без епископа; они должны взять на себя отвращение опасностей от лжеучителей, и простой христианин не должен делать ничего больше, как держаться стоящих во главе Церкви авторитетов и прежде всего епископов. Игнатий неустанно старается запечатлеть в умах и сердцах верующих такого рода наставления: «Надлежит вам согласоваться с мыслью епископа, что вы и делаете. И ваше знаменитое, достойное Бога пресвитерство так согласно с епископом, как струны в цитре... Составляйте же из себя вы все до одного хор, чтобы, согласно настроенные в единомыслии, дружно начав песнь Богу, вы единогласно пели ее Отцу через Иисуса Христа» (Ad Ephes. 4.1-2; cf. 6.1; Ad Magnes. 6.1; Ad Trail. 3.1). «Чада света и истины, бегайте разделения и злых учений, но где пастырь, туда и вы, как овцы, идите» (Ad Philadelph. 2.1). «Все последуйте епископу, как Иисус Христос — Отцу, а пресвитерству, как апостолам; диаконов же почитайте как заповедь Божию. Без епископа никто не делай ничего, относящегося до Церкви» (Ad Smyrn. 8.1).
В частности, полномочия, которые принадлежат епископату, следующие: епископ прежде всего должен иметь попечение о душах верующих. В наставлениях, которые Игнатий дает Поликарпу, на первом месте ставится бодрствование и душепопечение.