После окончания семинарии в 1892 г. Н. И. Сагарду направляют в Петербургскую духовную академию, которую он закончил с отличием в 1896 г. По завершении обучения Совет Академии удостоил его степени кандидата богословия с правом получить степень магистра без экзаменов. В августе того же года на основании § 54 устава православных духовных академий решением Совета профессоров Академии Н. И. Сагарда был зачислен на один год на кафедру Священного Писания Нового Завета профессорским стипендиатом. Предметом научных исследований он выбрал частное введение в священные книги Нового Завета. Большое влияние на этот выбор оказал профессор Η. Н. Глубо–ковский, который на долгие годы стал для Сагарды не только научным руководителем, но и ближайшим наставником. Через год Николай Иванович возвратился на Полтавщину и приказом обер–прокурора Св. Синода был назначен преподавателем латинского языка в Полтавское духовное училище, а с 15 октября 1899 г. — преподавателем церковной и библейской истории Полтавской духовной семинарии. Кроме того, с 1899 по 1905 гг. он занимал должность делопроизводителя Полтавского епархиального училищного совета.
Тогда же произошли изменения в его личной жизни. Н. И. Сагарда женился на Лидии Николаевне Ураловой (1880 г. р.), уроженке Великих Будищев Зень–ковского уезда Полтавской губернии, дочери протоиерея г. Полтавы, который долгое время (1887—1912 гг.) возглавлял официальную часть журнала «Полтавских епархиальных ведомостей». У супругов было четверо детей: Василий (1900 г. р.), Нина (1902 г. р.), Михаил (1905 г. р.), Николай (1913 г. р.).
Одновременно с преподавательской работой он активно занимается научной деятельностью. Следует отметить, что, еще будучи студентом Полтавской духовной семинарии, Н. И. Сагарда публиковал статьи на страницах «Полтавских епархиальных ведомостей». После возвращения в Полтаву из Санкт–Петербурга Николай Иванович продолжил активное сотрудничество с этим изданием. На протяжении 90–х г. XIX столетия, помимо научных разработок своего главного труда «Первое соборное послание св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова» (кандидатской, а затем магистерской диссертации), он опубликовал ряд работ различной богословской тематики. Чтобы понять глубину и всестороннее владение различными предметами, приведем только несколько названий: «Св. Апостол и Евангелист Богослов» (1896 г.), «Порядок событий раннего детства Христа Спасителя» (1898 г.), «Смысл и значение слов: "и абие изыде кровь и вода"» (1898 г.), «К житию св. Ефрема Печерского, еп. Переяславского» (1895 г.), «Русская православная миссия в Китае» (1900 г.). Такое трудолюбие поражает тем более, что Николай Иванович находился в условиях, неблагоприятных для научной деятельности.
Политическое и философское мировоззрение Н. И. Сагарды в полной мере проявилось в докладе «Славянофильство и его идеалы», прочтенном в актовом зале Полтавской духовной семинарии в 1902 г. в день памяти святых Кирилла и Мефодия. Это выступление определенным образом повлияло на дальнейшую судьбу Николая Ивановича, так как закрепило за ним ярлык, по мнению коммунистических идеологов, украинца–славянофила.
Как истинный сын своего отечества, Николай Иванович не забывал и об истории родного края. В 1897 г. он опубликовал исторический очерк о городе своего детства Золотоноше, его святых храмах. Он был одним из учредителей Полтавской ученой Архивной Комиссии, основанной 26 октября 1903 г., в которую входили такие видные ученые, как И. Ф. Павловский, JI. В. Падал–ка, В. Василенко и др., занимавшиеся исследованием истории и культуры Полтавщины.
В мае 1898 г. Н. И. Сагарда обратился с письмом к профессору Η. Н. Глубоков–скому, входившему в Совет Санкт–Петербургской духовной академии. В письме высказывалась просьба о представлении научной работы «Первое соборное послание св. Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Исагогико–экзегети–ческое исследование» на соискание студенческой премии высокопреосвященного митрополита Макария. После рассмотрения Советом Академии вышеуказанного исследования Н. И. Сагарда был удостоен Макарьевской премии.