Главное событие, привлекшее внимание светских научных кругов Америки к средневековой философии, произошло во Франции и неожиданным образом было связано с именем Декарта. Исследование источников философии Декарта, предпринятое Этьеном Жильсоном, привело его к выводу, что Декарт испытал гораздо большее влияние схоластической философии, чем считалось ранее. Сочинения Жильсона «Схоластическо-картезианский индекс» (Index scolastico-Cart'esien, 1913), «Свобода у Декарта и теология» (La libert'e chez Descartes et la th'eologie, 1913), комментарий к «Рассуждению о методе» (Discours de la m'ethode, Commentaire, 1925) и «О роли средневековой мысли в формировании философской системы Декарта» ('Etudes sur le r^ole de la pens'ee m'edi'evale dans la formation du syst`eme Cart'esien, 1930) опровергали воззрение, основанное на высказываниях самого Декарта, что средневековую философию можно не принимать во внимание и что философия Нового времени начиналась на пустом месте. Труды Жильсона о Декарте, написанные им в период работы в Сорбонне, столице секулярного академического мира, внесли значительный вклад в то, что средневековая философия заняла свое место в истории философии. Разрыв между средневековьем и современностью уже не представлялся столь очевидным и стал важным предметом исследования. Избрание Жильсона во Французскую академию в 1929 г. укрепило его научную репутацию в Европе; изучение средневековой философии стало считаться достойным занятием в светском научном мире.
Последствием открытий Жильсона стало также и то, что он перешел от изучения философии Нового времени к средневековой философии: средневековая философия не только представлялась ему более важным предметом, чем считал Декарт, но и более интересным. Одно перечисление работ Жильсона по средневековой философии даёт представление о широте и глубине его исследований в этой области: «Томизм» (Le thomisme, 1919), «Философия св. Бонавентуры» (La philosophie de Saint Bonaventure, 1924), «Введение в изучение св. Августина» (Introduction `a 1''etude de Saint Augustin, 1929), «Дух средневековой философии» (L'esprit de la philosophie m'edi'evale, 1932), «Мистическая теология св. Бернара» (La th'eologie mystique de Saint Bernard, 1934), «Элоиза и Абеляр» (H'eloise et Ab'elard, 1938), «Данте и философия» (Dante et la philosophic, 1939), «Философия в средние века: от патристики до конца XIV века» (La philosophie au moyen ^age: Des origine patristique `a la fin du XIVе si`ecle, 1944) и «Иоанн Дуне Скот: введение в основные положения его философии» (Jean Duns Scot: Introduction `a ses positions fondamentales, 1952). Исследования Жильсона подвергли сомнению два центральных положения энциклики «Aeterni Patris»: первое, что термины «средневековый» и «схоластический» в отношении философии являются синонимами; второе, что средневековой философии свойственно доктринальное единство. Жильсон утверждал, что не всех средневековых философов можно назвать схоластами. Хотя его работа «Дух средневековой философии» и даёт представление о том, что было общим для разных философов средневековья, он постоянно подчеркивал, что это не должно заслонять от нас бесспорных различий в учениях средневековых философов.
Но, пожалуй, самым замечательным в интеллектуальном пути Жильсона было то, что, исследуя философию средних веков, он не ограничился выяснением её места и роли в истории философии; он пришел к выводу, что средневековая философия не только интереснее современной, но она является и более истинной, и это справедливо прежде всего по отношению к философии Фомы Аквинского. Именно изучение истории философии, а не авторитет церкви, привело Жильсона к изучению средневековой философии как философии и к пониманию того, что последствия недостаточного развития естественных наук в средние века не так плачевны, как заблуждения современных философов, превращающих философию в науку и ставящих во главу угла человеческое Я, а не бытие. Ошибки средневековья можно исправить, чего не скажешь о современности. В работе «Методический реализм» (1936) Жильсон опроверг утверждение о том, что средневековый реализм был эпистемологически наивен. Он признавал, что средневековые философы не занимались проблемами теории познания, поднятыми Декартом и другими философами Нового времени, однако история новой философии, по его мнению, доказывает, что не существует альтернатив реализму: нет пути назад к миру, если отправной точкой избран разум. В работе «Единство философского опыта» (1937) он показывает, что на протяжении всей истории философии постоянно возникает стремление свести философию к одному из её разделов или к одной из наук. Фома Аквинский, как он считает, наиболее успешно избегает этой тенденции. В «Бытии и сущности» (1948) Жильсон вновь прибегает к истории философии как к способу философствования: философы постоянно пытаются исключить из своих учений существование, поскольку оно несводимо к концепту, а Аквинату, как он снова утверждает, лучше всех удается справиться с этой проблемой.