Первое время Надежда Константиновна работала в секретариате ЦК РСДРП(б). Но совмещать эту работу с ролью личного секретаря Ленина оказалось трудно. Крупская вспоминала: «…У меня с секретариатом дело все не налаживалось. Конечно, Ильичу было гораздо труднее работать без личного секретаря, но по российским условиям, чтобы быть тем личным секретарем, каким я была раньше (за границей.
Для Крупской отлучение от роли ленинского секретаря, возможно, оказалось роковым. Теперь супруги не были связаны совместной повседневной работой, они все реже виделись, и между ними не могло не возникнуть некоторого отчуждения друг от друга. Ильич приходил домой поздно и очень усталый, времени поговорить почти не оставалось. Ленин пытался практиковать, как в Швейцарии, прогулки с женой, но и на них трудно было выкроить хоть полчаса.
Крупская решила баллотироваться в Выборгскую районную думу и легко победила на выборах в этом пролетарском районе, где население поддерживало большевиков. В думе она стала председателем культурно-просветительской комиссии – этой сфере деятельности Надежда Константиновна и посвятила всю оставшуюся жизнь. Начала же она с организации двух школ грамотности и открытия рабочего Народного университета на Выборгской набережной.
Между тем, тучи над Владимиром Ильичом сгущались. После того, как 4 июля большевикам не удалось взять власть с помощью вооруженной демонстрации сочувствующих им солдат и матросов, был выписан ордер на арест Ленина. Его обвиняли в шпионаже в пользу Германии и в организации попытки государственного переворота. Ленин ушел в подполье. На его квартире провели обыск, арестовали Надежду Константиновну и мужа сестры Ленина, Анны, Марка Тимофеевича Елизарова, которого приняли за вождя большевиков. Потом разобрались и отпустили. Ленин же с Зиновьевым скрывался в Разливе под Петроградом, а потом в Финляндии.
В августе без Ленина прошел VI съезд партии. Его делегатами были и Крупская, и Арманд. Потом Надежда Константиновна навестила Владимира Ильича в Гельсингфорсе. Крупская так описывала их встречу: «Ильич обрадовался очень. Видно было, как истосковался он, сидя в подполье в момент, когда так важно было быть в центре подготовки к борьбе. Я ему рассказала о всем, что знала».
Ленин вернулся в Петроград 7 октября 1917 года. Поселился на Сердобольской улице в квартире большевички Маргариты Васильевны Фофановой. Путь в Петроград оказался непрост. Сперва Ленин перебрался в Выборг. Давший ему приют в этом городе финский социал-демократ Ю. К. Латукка вспоминал: «В субботу 7/20 октября прибыл наконец долгожданный Эйно Рахья с поручением от ЦК партии доставить Ленина в Петроград. Времени не стали терять. Смастерили парик, сделавший нашего Владимира Ильича неузнаваемым – финским пастором… Они сели на трамвай и скоро были на вокзале. Поезд в 2 часа 35 минут дня дал свисток – «Октябрьская революция» была на пути в Россию. На станции Райвола наши путешественники оставили площадку вагона; часа через два Владимир Ильич на тендере паровоза, на котором машинистом был Ялава, с Эйно Рахья в первом вагоне поезда переехали границу и на станции Ланская оставили поезд». Тут Латукка немного ошибся. Действительно, ближайшей к Сердобольской улице станцией была Ланская. Но за несколько дней до возвращения Ленина Крупская проделала путь по предполагаемому маршруту и выяснила, что Ланская расположена на высоком пригорке. Поэтому все приезжающие сразу бросаются в глаза, когда спускаются в город. Решено было, что Ильич выйдет на предыдущей станции Удельная, а до Сердобольской улицы доберется пешком.