Одной из причин подобного своеволия могло быть то, что Леонардо уже работал над картиной или каким-либо ее вариантом и решил продолжить работу, несмотря на условия контракта. Кеннет Кларк считает, что луврская «Мадонна в скалах» была начата еще во Флоренции, когда Леонардо работал над «Мадонной Литта».[328]
И действительно, в картине чувствуется флорентийская атмосфера: красота лица Мадонны, поворот ее головы, длинные вьющиеся волосы. Мадонна и ангел написаны в типично Веррокьевой манере. Но этого-то и ожидали от Леонардо миланские заказчики. Они обратились к нему именно потому, что хотели получить картину в изысканной флорентийской манере. Более поздний, лондонский, вариант весьма отличается от луврского по настроению. Эта картина строга и сдержанна. Лица стали бледными, почти восковыми. Это более строгая, печальная, ускользающая красота. Если на парижском варианте преобладают приглушенные, теплые тона, то лондонская словно залита лунным светом. Написанные нимбы, полностью отсутствующие на первом варианте и на всех флорентийских Мадоннах Леонардо, судя но всему, были добавлены по требованию братства.Отношения между этими двумя картинами весьма загадочны, и загадку не проясняют более поздние документы. Интересно, что последний документ, относящийся к «Мадонне в скалах», датируется 1508 годом, то есть он был составлен через двадцать пять лет после первоначального контракта. Это говорит о том, что художники все же завершили работу примерно в 1485 году, но между ними и заказчиками возникли разногласия относительно оплаты. Эти разногласия остались неразрешенными, и в 1492 году Леонардо и Амброджио де Предис обратились к Лодовико Сфорца, чтобы тот помог им взыскать причитающееся вознаграждение с братства.[329]
Картина в документе описана с типично юридической бесстрастностью:То, что картина была отправлена в Германию, объясняет и ее появление в Лувре. Некоторые картины Леонардо, хранящиеся в Лувре, прибыли во Францию в 1516 году вместе с самим художником. Но нет никаких упоминаний о том, что среди этих картин была «Мадонна в скалах». Вполне возможно, что она попала во Францию из коллекции Габсбургов или в 1528 году, когда внучка Максимилиана, Элеонора, вышла замуж за Франциска I. Можно с уверенностью утверждать, что к 1625 году «Мадонна в скалах» уже была во Франции. Кассиано даль Поццо видел ее во дворце Фонтенбло.
Подтверждает эту теорию и создание второго варианта картины – лондонского. Это замена, копия, написанная для братства вместо картины, отправленной императору. В таком случае работа над лондонским вариантом должна была начаться где-то между 1493 и 1499 годами, когда Леонардо покинул Милан. Судя по всему, в юридических документах 1503–1508 годов речь идет именно о лондонском, а не о парижском варианте картины. Такую датировку подтверждает и великолепный рисунок детского профиля из Виндзорской коллекции, который в точности повторяет расположение младенца Христа на лондонском варианте «Мадонны в скалах». Такой стиль рисунка был характерен для Леонардо в середине 90-х годов XV века.[331]