На первом этапе развития партизанского движения в организации и проведении разведки была неразбериха, отсутствовало единое руководство деятельностью разведорганов со стороны УНКВД по Калининской области, 4-го управления НКВД СССР и разведотдела штаба Калининского фронта. Часто разведорганы этих структур разведкой занимались только в своих личных интересах и мешали друг другу. Наблюдались случаи кражи сведений, перехвата и присвоения различными путями разведданных, добытых партизанами. Не было взаимообмена данными, информирования и тесного сотрудничества между различными разведорганами в партизанском крае. Каждый из них стремился занять главенствующее положение. Отсутствовало единое планирование разведработы. Практически не проводился должный подбор и обучение агентуры (вербовщиков, связников, маршрутных разведчиков). Слабая подготовка партизанского командования приводила к серьезным ошибкам при работе с агентурой и становилась причиной массовых провалов агентурных сетей. В результате нарушения принципа строгой специализации агентов разведчикам поручалось выполнение несвойственных для них заданий, в результате чего ценные агенты арестовывались немцами при распространении листовок, агитации населения, попытке совершить какую-либо мелкую диверсию и т. п. Многих командиров и их заместителей по разведке не заботила судьба разведчика или подпольщика. Поэтому они позволяли знать своих агентов большому количеству партизан, посылали на связь с ними разных лиц, допускали появление агентов в отряде средь бела дня. Все это приводило к частым провалам разведчиков, подпольщиков и агентов. Большую роль в организации агентурной разведки сыграли оперативные группы НКВД и НКГБ, забрасываемые в районы действий партизан. Многие из них базировались в партизанских лагерях, что давало им возможность облегчить связь с разведчиками, работавшими на вражеских объектах, маскировать свою работу общей разведдеятельностью партизан.
В ходе всей войны партизаны строго руководствовались приказами И.В. Сталина и ЦШПД. 1 сентября 1942 года Сталин провел в Кремле прием руководителей партизанского движения, доставленных самолетами из-за линии фронта. После откровенного разговора с партизанами был издан совершенно секретный приказ от 5 сентября 1942 года № 00189 «О задачах партизанского движения». Отныне на нем строилась вся деятельность партизанских формирований и органов их контролирующих.
Приказ содержал указания о создании в тылу противника мощной агентурной разведки и определял организацию разведорганов. Во всех партизанских соединениях вводились в штат должности заместителей командиров по разведке, на которые должны были назначаться квалифицированные специалисты, прошедшие курс обучения. Заместители командира по разведке и их помощники должны были знать о противнике все, что необходимо для боевой деятельности, передвижения, расположения и отдыха партизанских отрядов. Они стали одними из самых важных фигур в среде командования, от деятельности которых зависела успешная боевая работа партизан, а зачастую и само их существование. Приказ Сталина заострял внимание на необходимости безусловного и всемерного сотрудничества партизанских разведорганов со спецгруппами госбезопасности, военной разведки и контрразведки.
Весной 1943 года положение о партизанской разведке нашло свое развитие в специальном приказе Сталина.