«Инициаторов» вычислили быстро. Вслед за директором и главным инженером в апреле 1938-го арестовали ближайших помощников И.Г. Немана — С.Я. Желковского и P.C. Марона, чуть позже Е.И. Бару и А.И. Уника.
«Вражеские гнезда» выжигали каленым железом. Были арестованы руководители большинства заводов, вся верхушка ЦАГИ и ЦИАМ, ведущие конструкторы самолетов и двигателей.
За А.Н. Туполевым, кроме должности Главного конструктора опытного самолетостроения ЦАГИ, занимавшего пост заместителя начальника Главного управления авиационной промышленности, люди в штатском пришли 21 октября 1937-го. Летчик-испытатель М.Л. Галлай вспоминал: ««Придя в то утро на работу, мы увидели, что на приангарной площадке кипит работа. Маляры колдовали у хвостов стоящих на площадке самолётов. До этого на вертикальном оперении принадлежащих нашему отделу машин красовались буквы «АНТ», что означало Андрей Николаевич Туполев, главный конструктор всех созданных в ЦАГИ летательных аппаратов. И вот эти буквы торопливо замазывались. Гнетущая атмосфера сталинского террора к этому времени полностью охватила страну. Люди, в том числе общенародно известные, один за другим исчезали в застенках НКВД, казалось, безвозвратно. Поэтому особой сообразительности, чтобы понять, что означают замазанные буквы, не требовалось — Туполева арестовали».
После применения следователями некоторых специфических методов допроса и угрозы расправиться с семьей, Андрей Николаевич признался, что является главой «русской фашистской партии», французским агентом, а в качестве дополнительного приработка внедрял «порочную американскую технологию», давал вредительские установки и продавал чертежи своих самолетов Мессершмитту — по ним-то Вилли и построил Me-110. Конечно, столь матерый резидент не мог заниматься шпионско-диверсионной деятельностью, не имея сообщников. В течение нескольких следующих месяцев марка АНТ была разгромлена, талантливый коллектив, давший стране дюжину серийных машин, распался. Ближайшие сотрудники Главного — В.М. Петляков, Н.И. Базенков, В.М. Мясищев, Б.А. Саукке, А.Э. Стерлин, М.Н. Петров, H.A. Соколов, Т.П. Сапрыкин, Д.С. Марков, А.А. Енгибарян — были арестованы и осуждены, посадили и жену АНТа. Как пример чудовищного и циничного вредительства, использовались термины «туполевщина» и «петляковщина».
В 1938–1939 годах на тюремных нарах очутились: итальянский коммунист-эмигрант P.Л. Бартини — главный конструктор НИИ ГВФ, автор нескольких самолетов, а ныне «личный друг Муссолини» и продавец сЬветских тайн итальянской разведке; К.А. Калинин — создатель первых серийных гражданских самолетов и боевого «летающего крыла» ВС-2, сначала его рядовым чертежником, но и там он «перепутывал чертежи», пришлось арестовать; главный конструктор самолетов БОК и гондол стратостатов В.А. Чижевский; конструкторы вертолетов и автожиров А.М. Черемухин и А.М. Изаксон; руководитель отдела нефтяных двигателей ЦИАМ А.Д. Чаромский — автор авиационного дизеля АН-1 мощностью 900 л.с.; начальник Научно-исследовательского сектора ЦАГИ академик А.И. Некрасов, «завербованный» ФБР во время поездки в Америку.
Выражаясь словами Л.Д. Троцкого, «глупость обвинений стояла на уровне их подлости».
Из ильюшинской «фирмы» изъяли «немецкого шпиона» С.М. Егера, из микулинской — специалиста по силовым авиационным установкам К.В. Минкнера (А.А. Микулин легко отделался — его всего-навсего сняли с должности начальника ОКБ завода №-24). Дошла очередь и до харьковского гения, первым в СССР применившего убирающиеся шасси: И.Г. Немана арестовали и осудили на пятнадцать лет «за организацию вредительства на заводе и как агента зарубежной разведки», выпускавшего «негодные самолеты».
Заместителя Поликарпова Д.Л. Томашевича обвинили в убийстве народного героя Валерия Чкалова — в сговоре с директором завода №-1 М.А. Усачевым и начальником летно-испытательной станции В.М. Парае, далее преступный след вел в Запорожье, на завод №-29, где пришлось устроить новую чистку. Никто не ушел от справедливого возмездия.
По второму разу загребли Н.Г. Михельсона, И.М. Косткина, Б.С. Стечкина, ведущего авиационного оружейника A.B. Надашкевича, а крупнейшего технолога по деревянному самолетостроению B.C. Денисова — по третьему.