На 1 января 1941 года в ВВС насчитывалось 26 392 самолета, в том числе 14 628 боевых и 11 438 учебных. Причем 10 565 машин (боевых—8392) было построено в 1940 году. В феврале Генштаб представил новый мобилизационный план, согласно которому в составе ВВС намечалось иметь: управлений авиационных корпусов — 5, управлений авиационных дивизий —79, управлений отдельных авиабригад — 5, дальнебомбардировочных полков (ДБ-3) — 36, тяжелых бомбардировочных полков (ТБ-3) — 6, бомбардировочных полков — 102, двухмоторных истребительных полков — 22, истребительных полков — 149, легкоштурмовых полков — 15, смешанных полков — 3, отдельных разведывательных полков — 10, отдельных разведывательных эскадрилий — 42, отдельных эскадрилий связи — 39, корпусных эскадрилий — 76, отрядов аэростатов наблюдения — 24. Практически сразу началось формирование «недостающих» 106 авиаполков и пяти воздушно-десантных корпусов. Всего после мобилизации в строю ВВС предполагалось быть 343 авиаполкам с общим количеством 32 628 самолетов, из них 22 171 боевой самолет (в том числе 11 920 бомбардировщиков, 11 957 истребителей) и 10 457 учебных и самолетов вспомогательной авиации.
Дело в том, что советские полководцы пришли к умозаключению о необходимости передачи примерно половины фронтовой авиации в состав общевойсковых армий. Для тактического взаимодействия с войсками каждой армии, которой предстояло действовать на главном направлении, намечалось выделять 2–3 авиадивизии смешанного состава, действующим на второстепенных направлениях, — по одной авиадивизии. Остальные силы оставлялись в распоряжении фронтового командования и использовались для решения оперативных задач в интересах фронта. Для решения более глобальных задач существовала Авиация Главного командования.
В принципе идея — здравая, как и любая идеальная конструкция. Вот только для её воплощения в жизнь требовалось не просто много, а очень много авиационных соединений и самолетов. По предвоенным взглядам, на фронте планировалось иметь от 15 до 30 дивизий фронтовой и армейской авиации, что составляло от 2700 до 9000 самолетов. Советский Союз был единственной страной, которой удалось успешно решить эту задачу. Другое дело, что вопрос эффективного использования крупных авиационных объединений оставался «вещью в себе», и в начальном периоде войны, когда были потеряны тысячи боевых машин, воздушные силы все больше распылялись по армиям. Так, в начале 1942 года удельный вес армейской авиации на Западном и Калининском фронтах составлял 83 %, что исключало централизованное управление авиацией и массированное применение её в масштабе фронта.
Собираясь в Великий Поход, Сталин не забыл о таком важном деле, как укрепление дисциплины, и устроил военным небольшое кровопускание — для поддержания тонуса. Авиацию, как известно, он особенно любил. Поводом к репрессиям стала невинная жалоба «одного из конструкторов» о том, что НИИ ВВС, «тормозит испытания» хорошего истребителя марки «Миг» и вводит в заблуждение ЦК ВКП(б).
В апреле — июне 1941 года чекистами были арестованы заместитель начальника Главного управления ВВС дивизионный инженер И.Ф. Сакриер, начальник 8-го управления военинженер 1-го ранга П.К. Никонов, начальник отделения опытного отдела Управления вооружения ВВС военинженер 1-го ранга Г.Ф. Михно, начальник 4-го отдела НИИ ВВС комбриг А.И. Залевский, начальник научно-испытательного полигона авиационного вооружения полковник Г.М. Шевченко, начальник отдела этого же полигона, изобретатель «ведер Онисько», военинженер 1-го ранга С. Г. Онисько, начальник отделения опытного отдела военинженер 1-го ранга
Затем наступила очередь фигур более крупного калибра.
В НКВД с самого начала были уверены, что инженеришки пытались сорвать программу перевооружения не по собственной инициативе, а по заданию высокопоставленных агентов иностранных разведок. В оперативных справках сотрудников НКВД причины автокатастроф прозорливо увязывались с контрреволюционной деятельностью мощной, законспирированной антисоветской организации. Пролетарское чутье не подвело «органы товарища Берии». Последним доказательством, переполнившем чашу сталинского терпения, стало нежданное приземление 15 мая на Центральном аэродроме Москвы немецкого «Юнкерса-52», прилетевшего в столицу из Белостока, наплевав на «особый режим» советского неба и беспрепятственно миновав все посты ПВО. Всё стало на свои места — в недрах ВВС гнойным нарывом созрел очередной «правотроцкистский заговор».