Как известно, с 1825 года к о. Серафиму начали ходить за благословением сперва сестры, а потом и сама добродетельная начальница Дивеевской общины, Ксения Михайловна, которую батюшка называл «огненный столб от земли до неба»
и «терпуг духовный». Конечно, старица Ксения Михайловна глубоко уважала и высоко почитала о. Серафима, но, однако, она, не согласилась изменить устав своей общины, который казался тяжелым как о. Серафиму, так и всем спасавшимся в общине сестрам. Число сестер настолько увеличилось в общинке, что требовалось распространить их владения, но это было невозможно ни в ту, ни в другую сторону. Батюшка о. Серафим, призвав к себе Ксению Михайловну, стал уговаривать ее заменить тяжелый Саровский устав более легким, но она и слышать не хотела. «Послушайся меня, радость моя!» — говорил о. Серафим, но непоколебимая старица наконец ответила ему: «Нет, батюшка, пусть будет по-старому, нас уже устроил отец строитель Пахомий!» Тогда о. Серафим отпустил начальницу Дивеевской общинки, успокоенный, что заповеданное ему великой старицей матерью Александрой более не лежит на его совести или же что не пришел тому еще час воли Божией. Временно о. Серафим не входил в дела общинки и только, по дару предвидения, посылал избранных Божией Матерью сестер на жительство в Дивеево, говоря: «Гряди, чадо, в общинку, здесь поблизости матушки-то полковницы Агафьи Семеновны Мелыуновой, к великой рабе Божией и столпу, матушке Ксении Михайловне, она всему тебя научит!»Выйдя из затвора, о. Серафим стал ходить к роднику и келье затворника иеромонаха Дорофея. Родник этот находился верстах в двух от монастыря, и в Саровской обители не знают, кем он был первоначально вырыт. Теперь он был покрыт накатом из бревен и засыпан землей; вода вытекла из него через трубу. Вблизи родника, на столбике, по-видимому нарочно устроенном, стояла икона св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова. По этому обстоятельству родник называли богословским.
Когда о. Серафим жил еще в дальней пустынке, то хаживал к этому месту, которое ему очень нравилось, и здесь упражнялся в телесных трудах. На расстоянии четверти версты от богословского родника, на горке, стояла келья, в которой спасался инок, иеромонах Дорофей. В половине сентября 1825 г. благочестивый отшельник переселился в иной, лучший, небесный мир, к которому всю жизнь стремилась душа его. Между тем старец Серафим от долговременных подвигов пришел в крайнее изнеможение: со времени стояния на камнях у него не переставали болеть ноги, а к ногам присоединилось еще ощущение сильной боли в голове. Ему советовали, для поддержания здоровья, иметь движение и пользоваться свежим воздухом. Чувствуя действительную необходимость, он начал еще с весны 1825 года выходить из своей кельи по ночам. Это открыл инок Филарет. Наступил Великий пост — время особых подвигов для иноков Саровских. Однажды Филарет, встав очень рано утром и совершив свое домашнее правило, вышел из кельи в ограду монастыря, вдруг видит он вдали человека, во мраке, который несет на руках какую-то тяжесть. Филарет сотворил молитву и крикнул: «Кто тут?»«Убогий Серафим, Серафим убогий, — было ответом. — Умолчи, радость моя!» Тогда Филарет подошел к старцу и, по обычаю, принял от него благословение. Тут он увидел, что о. Серафим нес на руках своих значительной величины камень. Он взял его вне монастыря из-под горы у того места, где церковь св. Иоанна Предтечи, а Филарет проследил, что старец положил его возле алтаря соборного храма (где ныне он похоронен).
Получив во сне от Божией Матери разрешение выйти из затвора, о. Серафим проснулся, сотворил обычное правило и пошел к игумену Нифонту просить благословения на беспрепятственный выход, по болезни ног и головы, на день в пустынную келью иеромонаха Дорофея. 25 ноября было первым днем, в который старец пошел в лес.