Ползли слухи, что первый министр боярин-канцлер Артамон Сергеевич Матвеев, несмотря на наличие двух старших братьев, пытался посадить на престол царевича Петра Алексеевича. Как уже отмечалось, мать Петра и ее родственники Нарышкины были креатурами Матвеева, который мог сделаться при малолетнем царевиче всемогущим регентом. Говорили, будто канцлер убеждал умирающего царя и бояр, что Федор очень болен, «даже мало надежд на его жизнь». Другой сын Алексея Михайловича, Иван, тоже не способен править, тогда как Петр, на диво, здоров. Но поколебать государя ему не удалось.
Действительно, в это время состояние здоровья Федора вызывало острое беспокойство. Тетки и сестры царя безысходно находились возле его постели. Они питали самое черное недоверие к Аптекарскому приказу, возглавляемому А. С. Матвеевым.
Среди этих женщин выделялась шестая дочь царя Софья.
Эта исключительно умная и энергичная женщина стала настоящим лидером Милославских. Никто не мог сравниться с ней в хитроумии, красноречии и изобретательности. Ее честолюбие было безграничным, способности — тоже. Она успешно занималась живописью. В Древней Руси изобразительное искусство, в частности иконопись, было областью, где широко применялся женский труд, и только Петр I специальным указом запретил женщинам заниматься иконописанием. Она также хорошо играла на клавесине и сочиняла «комедийные действа», в которых потом сама и выступала. По уверениям Н. М. Карамзина, которому довелось прочитать драматические сочинения Софьи, она принадлежала к числу настоящих хороших драматургов и одаренных литераторов. К тому же она участвовала в своей первой постановке Мольера на русской сцене.
Очень образованная — она вместе с братьями училась у Симеона Полоцкого, — царевна была сведуща в истории и знала, какое место в государстве может занимать женщина. Прошлое являло тому немало примеров. Величественная царица Семирамида; Ирина, правившая Римской империей, самовластно объявлявшая войны и заключавшая мир, не стеснявшаяся посылать под розги непослушного сына-императора. Елизавета Английская, королева-девственница, которая подчинила надменную английскую знать, разбила испанскую Непобедимую армаду, сделала Англию самой передовой страной Европы. Да что далеко ходить! Достаточно свеж был и пример правительницы Елены Глинской, матери Ивана IV Васильевича: литвинка, признаваемая за чужестранку, она после смерти супруга в обстановке борьбы мощных противодействующих сил сумела захватить власть и править твердой рукой.
Правда, сторонники Софьи примеряли к ней не сомнительную Глинскую, но почти святую Пульхерию, управлявшую Византией вместо брата-императора Феодосия II. Отчетливо вырисовывалась параллель: Элия Пульхерия Августа и Феодосий II — Софья Алексеевна и Федор Алексеевич Романовы.
Софья окружила своего брата умными и достаточно прогрессивными советниками, первым из которых был князь Василий Голицын, по скандальней дворцовой хронике, «царевны полюбовник». Матвеев был удален со своей должности, а русскую медицину возглавил представитель высшей родовой знати, пользовавшийся всеобщим доверием, — боярин Никита Иванович Одоевский. Через неделю он созвал консилиум, шести ведущих медиков страны. Обследование Федора показало, что «его государская болезнь ни от какой порчи (!), но от его царского величества природы… та-де цынга была отца его государева». Врачи указали, что хроническая болезнь дает сезонные обострения, которые купируются с помощью внутренних и внешних укрепляющих средств, «сухой ванны», мазей на царские «ношки». Полное излечение возможно, но «только исподволь, а не скорым временем».
Острый конфликт между сторонниками Милославских и Нарышкиных будоражил царское семейство. Однако Федор не давал в обиду ни маленького Петра, ни его мать, за определенные свойства характера получившую прозвище Медведица, или Медведиха. «Откуда только и за что наслана на наше семейство эта медведиха?» — плача вопрошала царевна Софья. Действительно, царица Наталья отличалась вспыльчивостью, заходилась в гневе; от сильных чувств заикалась и путалась в словах, норовила ударить рассердившего наотмашь, в сердцах теряла слух. Но к Федору она была подобострастно почтительна и ласкова…
Тем неожиданнее было обвинение любимой мамки Федора, нянчившей его с младенчества, Анны Петровны Хитрово, суровой постницы и богомолки: перед своим воспитанником она обличила в страшных преступлениях А. С. Матвеева и Нарышкиных. Дядька Федора, Иван Хитрово, поддержал обвинения родственницы. У Федора не было оснований не доверять их безусловной преданности. И все-таки, как рассказывается в «Истории о невинном заточении» боярина А. С. Матвеева, потребовались «новые ужасные клеветы», чтобы царь отправил его в ссылку. В 1677 году братья царицы Натальи Кирилловны, Иван и Афанасий Нарышкины, по обвинению в подготовке убийства Федора Алексеевича были приговорены боярами к смерти, но царь лично заменил казнь изгнанием.