На некоторое время царица Евдокия исчезла; появилась старица Елена.
В наказание за строптивость царь лишил бывшую жену содержания. По сути, он обрек ее на голодную смерть. Нуждаясь буквально во всем необходимом, постриженная царица просила родных прислать «всякой всячины», поскольку «здесь ведь все гнилое». «Хоть я вам и прескушна, а что же делать? — писала она с горькой иронией. — Покамест жива, пожалуйте поите да кормите, да одевайте нищую».
Общество осудило Петра за жестокое обращение с законной супругой. Многие считали поступок царя «нехристианским». Авраам Лопухин не потерял своего немалого влияния среди московского боярства. Об этом свидетельствует подметное письмо, которое Петр получил в 1708 году. В нем говорилось, что царских указов так не слушают, «как Абрама Лопухина, а в него веруют и боятся его. Он всем завладел: кого велит обвинить — обвинят, кого велит оправить — того оправят, кого велит от службы отставить, того отставят, кого захочет послать — того пошлют». Даже грозный князь-кесарь Ромодановский весьма считался с братом постриженной царицы — впрочем, первой женой Авраама была урожденная Ромодановская.
Авраам организовал сестре в Суздале сносную жизнь, не оставлял своим вниманием и заботами. Она ездила по окрестным храмам и «от многих имела решпект, яко особа высочайшая». Все единомышленники Авраама были на ее стороне.
Сочувствие опальной царице выражалось по-разному. В основном, зная о бедственном положении Евдокии, друзья, знакомые и просто сочувствующие посылали разнообразные подарки. Но в 1700 году любимец Петра, шестидесятисемилетний Рюрикович И. Б. Троекуров, третьим браком женился на родной сестре царицы — Анастасии Федоровне Лопухиной. Уже год царица Евдокия была отставлена и сослана. Стал ли подобный выбор случайным или служил проявлением убеждений Троекурова, сказать трудно. К несчастью, Анастасия овдовела через три года, и при наступлении страшных событий 1718 года муж не смог оказать ей поддержку.
После насильственного пострижения матери царевич Алексей был передан на воспитание царевне Наталье Алексеевне, любимой сестре царя. Наталья была известна как непримиримая ненавистница Евдокии. Свои чувства она переносила и на маленького Алексея.
Урегулировав таким способом семейные дела, проведя между прочими заботами насильственные эстетические преобразования лиц знатных подданных, Петр вернулся к своему главному делу.
30 сентября 1698 года, в день именин бывшей правительницы, начались допросы и пытки ее сторонников и просто лояльных к ней людей.
10 октября 341 стрельца доставили на Лобное место. У Покровских ворот их встретил Петр с иностранными послами. Он желал, чтобы при исполнении его кровавого правосудия присутствовали иностранцы. Осужденным был зачитан приговор, встреченный полным молчанием. Двести один человек был осужден на повешение, сто несчастных в возрасте от пятнадцати до двадцати лет биты кнутом, заклеймены и сосланы в Сибирь. Сорок человек снова пытали.
А ведь это были люди, которые бились с турками на валах Чигирина, вместе с царем ходили по бескрайней степи в Азовские походы, как кроты копали минные галереи и апроши, не жалея жизни, штурмовали крепостные стены, отбивались от татарской конницы…
Царь требовал, чтобы приближенные тоже принимали участие в казнях. У князя Голицына это плохо получалось — душа не лежала, дрожали руки… Князь Долгорукий не попал по шее, перебил стрельцу хребет. Зато Меншиков ловко и споро орудовал топором. Лефорт, несмотря на требования приятеля, категорически отказался участвовать в этой забаве, ссылаясь на обычаи своей страны. Отказался приложить руку к казни стрельцов и генерал Бломберг.
Уже упоминавшийся австриец Корб, потрясенный виденным, писал о приговоренных: «Одного из них провожала до плахи жена с детьми — они издавали пронзительные вопли. Он же спокойно отдал жене рукавицы и пестрый платок и положил голову на плаху. Другой, проходя близко от царя к палачу, сказал громко: «Посторонись, государь, я здесь лягу».
Корб издал книгу, привлекшую внимание Европы к страшной жестокости московской жизни. Впоследствии издание книги было уничтожено по ходатайству царя перед Венским двором. Российские дипломаты утверждали, что и Корб, и Гвариент писали по слухам, искаженным и сильно преувеличенным. Удалось спасти только двенадцать экземпляров. Англичане перевели это произведение и распространили его по всем европейским странам.
После стрелецкой казни, самой массовой из всех во время печально известного стрелецкого розыска, царем был устроен пир у милого друга Лефорта. Петр, у которого «разнесло щеку», страдал от зубной боли и ходил с повязкой на лице, но казался всем довольным и приветливым. Гвариент записывал в своем дневнике: «Царь оказывал себя вполне удовлетворенным и ко всем присутствующим весьма милостивым». Во время розыска пиры не прекращались ни на день. Они не мешали главной работе.