Новую экспедицию в Тибет Шеффер организовал в 1935 г. Поскольку исследования финансировала Филадельфийская академия естественных наук, половина участников экспедиции были американцами. Однако вскоре после пересечения границы Тибета Шеффер спровоцировал конфликт между американской и немецкой группами, чтобы избавиться от лишних глаз. Раздосадованные американцы повернули назад, а немцы, руководствуясь указаниями Шеффера, дошли до истоков Янцзы и Меконга. Вполне возможно, что экспедиция побывала и в Лхасе.
Результаты второго похода в горы Тибета оказались не менее впечатляющими. Исследователи открыли много новых, ранее не известных науке видов животных и растений. Среди них карликовый голубь, антилопа оранго, множество редких птиц. В 1937 г., основываясь на материалах экспедиций, Шеффер опубликовал монографию и защитил диссертацию. После приобретения известности в научных кругах рейха ему поручили возглавить Тибетский отдел «Аненербе». Отделу было чем заняться, ведь в результате экспедиций в распоряжение СС попали тысячи древних тибетских рукописей — весомая часть огромного оккультного наследия Востока…
10 сентября 1938 г. рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер встретился с руководством Тибетского отдела института «Аненербе». На этом совещании, проходившем в кабинете главы СС, были утверждены сроки, цели и задачи новой экспедиции. Официально это была еще одна экспедиция натуралистов для изучения флоры и фауны Тибета. Но в экспедицию вошли сотрудники специальных служб рейха, специалисты по радиосвязи и, конечно, ученые востоковеды, связанные с СС и «Аненербе». Неофициальное задание на сей раз не афишировали, но и не скрывали. Немцы хотели установить более тесный контакт между «двумя культурами свастики» — нацистской и тибетской. Для этого в резиденции Далай-ламы в Лхасе предполагалось разместить постоянно функционирующую радиостанцию. Обслуживать эту установку должны были шифровальщики, инженеры и высококлассные радисты.
Возможно, и их деятельность должна была служить лишь прикрытием: на самом деле Германии нужно было улучшить качество радиосвязи со своим дальневосточным союзником — Японией. Для этого на одной из горных вершин Тибета, в зоне сильных ветров, нужно было установить специально разработанный в секретных лабораториях СС автоматический ретранслятор и ветрогенератор с вертикальной турбиной. Место установки и сам ретранслятор должны были заминировать, техников ликвидировать, а подходы к ретранслятору уничтожить. Прямых доказательств существования этого прибора до сих пор нет, но якобы существуют некие документы английской разведки за 1942 г., где упоминается об отправке в Тибет специальной группы для уничтожения действующего там немецкого передатчика дальней связи. Документы содержат показания уцелевшего участника этого рейда, согласно которым по прибытии в район горы Канченджанги англичане наткнулись на остатки временных построек какой-то немецкой экспедиции. В некоторых постройках находились личные вещи, а в одной остатки завтрака. Все выглядело так, будто лагерь был оставлен в спешке совсем недавно. На северо-восток, к отвесному склону горы, шла обустроенная тропинка, упиравшаяся в отвесный утес, с возможным тайным входом в подземную полость. Британская группа не сумела обезвредить немецкие мины, которые, взорвавшись, вызвали обвал горных пород в долину и засыпали миллионами тонн грунта это таинственное место. Погибли практически все члены группы, почему уцелел сам рассказчик, осталось загадкой…
После установки ретранслятора (если он в самом деле существовал) экспедиция Шеффера посетила столицу Тибета Лхасу. Регент Тибета Квотухту через Шеффера передал личное послание Гитлеру, в котором писал: «Глубокоуважаемый господин (король) Гитлер, правитель Германии, господствующий над обширными странами! Да пребудут с Вами здоровье, радость покоя и добродетель! Сейчас Вы трудитесь над созданием обширного государства на расовой основе. Поэтому прибывший ныне руководитель немецкой Тибетской экспедиции сахиб Шеффер не имел ни малейших трудностей ни в пути по Тибету, ни в осуществлении своей цели установления личных дружественных отношений, более того, мы надеемся на дальнейшее расширение дружественных отношений между нашими правительствами. Примите, Ваша Светлость, господин (король) Гитлер, наши заверения в дальнейшей дружбе в соответствии со словами, сказанными Вашей стороной. Это Я подтверждаю Вам! Написано 18 числа первого тибетского месяца года Земляного Зайца (1939 год)».
Вскоре после письма регента Гитлеру была установлена радиосвязь между Лхасой и Берлином. Регент Тибета Квотухту вручил Шефферу подарки, которые тот должен был передать фюреру германской нации: серебряную чашку с крышечкой, инкрустированную драгоценными камнями; шелковый платок и собаку особой тибетской породы.