Теперь предстояло покончить с Галданом, отвоевать у него большую часть Халхи, особенно западную. Дабы предотвратить уход противника далеко на север — в Халху, император вновь пустил в ход лесть, щедрые посулы и лицемерие. Готовясь к новому походу, Сын Неба постоянно заявлял о своем страстном стремлении к миру, к созданию счастья и рая на земле для всех народов. При этом Сюанье поддерживал врагов Галдана и торговой блокадой и голодом ослаблял силы противника перед решительной схваткой. Рядясь в тогу миротворца и пытаясь усыпить бдительность хана, Сюанье до последнего момента не порывал с ним дипломатических отношений. Император «по-дружески» предлагал Галдану передвинуться ближе к цинской границе и провести личную встречу. Делалось все, чтобы заманить хана в хитро расставленные сети и расправиться с ним без особого труда. На фоне такого коварства Галдан — прямолинейный и безрассудно смелый степной хищник — выглядел чуть ли не благородным рыцарем и честным бойцом. Впрочем, он не поддался на ухищрения императора, отступил через Гоби в Халху, и тогда Сюанье двинул против него войска.
Перед этим, проявив большие организаторские способности и железную волю, он собрал и перебросил через пустыню Гоби 85-тысячную армию с множеством пушек и огромным обозом. Император возглавил одну из трех колонн и совершил трудный переход через мертвые пески и полупустынные пространства, жестко пресекая все разговоры о возможности отступления. Галдан даже не предполагал, что через Гоби может пройти такое огромное войско и что его поведет сам император. Сюанье при этом не был столь самонадеян, чтобы взять командование всеми тремя колоннами на себя. Общее руководство он предусмотрительно возложил на опытного военачальника Фэйянгу в чине главнокомандующего (дац-зянцзюнь), ему же была доверена и наиболее мобильная западная колонна. Именно он, Фэйянгу, 12–13 июня 1696 года у Чамдо на реке Терельджин-гол (южнее Урги) наголову разгромил Галдана. Лишь ночью с небольшим отрядом всадников тому удалось вырваться из окружения. Победители захватили много пленных и гигантский обоз — множество кибиток и около 60 тысяч голов скота. Сюанье — жестокий и беспощадный к поверженному врагу — приказал обезглавить несколько тысяч пленных ойратов.
В операции между реками Тола и Керулен император проявил определенные стратегические способности. Тем не менее его победа была предрешена заранее и добыта за счет других факторов. Во-первых, за счет фатальных просчетов самого Галдана. Во-вторых, за счет огромного численного перевеса и технического превосходства цинской армии, имевшей большее число пушек, мушкетов и аркебуз. О «военных подвигах» Сюанье и его «военной доблести» говорить трудно. Сам он лично не участвовал ни в одном из сражений. Даже в день битвы у Чамдо возглавляемая им центральная колонна оставалась вдали от поля боя.
Для Сюанье, как для истинного маньчжура, было мало выигранного сражения и победоносной войны. Ему нужен был сам Галдан, живой или мертвый, — для публичной казни или надругательства над его трупом. Сюанье был буквально одержим этой мыслью и готов был лично отправиться с войском на поимку бежавшего ойратского владыки. Император успокоился, лишь когда попавший в безвыходное положение Галдан 3 мая 1697 года покончил жизнь самоубийством, приняв яд. После этого вся Халха — от Алтая до Барги — оказалась в руках Сюанье. Развеялся призрак Единой и Великой Монголии. К империи отошла огромная территория. Присоединив Тайвань, всю Северную и Центральную Маньчжурию, всю Северную Монголию (Халха), а затем и Тибет, Сюанье окончательно обрел репутацию великого воителя и полководца.
Внутри империи Сюанье приступил к покорению неханьских народностей Юго-Западного Китая, превращению их из «данников» в обычных подданных империи, замене их правителей общекитайской бюрократией. В собственно китайских провинциях сохранялось спокойствие, и только восстание 1721 года на Тайване, охватившее весь остров, знаменовало собой конец мирного периода и безропотного подчинения китайцев маньчжурам.