Много хлопот в процессе ходовых испытаний вызвал подвод воздуха к котлам для усиления тяги. На ‘'Иоанне Златоусте", в связи с отсутствием традиционных дефлекторов с широкими раструбами, с учетом которых выполнялись расчеты паропроизводительности. Франко-русский завод решил проводить испытания не с открытыми, согласно условиям договора, а с закрытыми котельными отделениями и нагнетающими воздух вентиляторами, что привело к превышению давления в отсеках сверх принятых норм. Другой путь избрали создатели котельной установки для “Евстафия”, не до конца, однако, согласовав свои действия с МТК. По своей собственной инициативе они применили подачу воздуха от тех же вентиляторов непосредственно в поддувала котлов.
Подобный способ давал возможность большей форсировки котлов, что подтвердилось на испытаниях, когда на “Евстафии” на 1 м² колосниковой решетки сжигалось 145 кг угля в час, в то время как на “Иоанне Златоусте” только 104,5. Несмотря на то, что этот прием кардинально отличался от общепринятой тогда на флоте системы подачи воздуха к котлам (улучшение тяги создавалось за счет повышения давления в общем объеме котельного отделения), приемная комиссия постановила не переделывать систему наддува прямо в котлы, а лишь предусмотреть некоторые конструктивные изменения для возможности подачи воздуха и традиционным способом. На “Иоанне Златоусте” МТК разрешил во время длительных переходов поднимать давление в котельных отделениях с превышением технических требований.
В составе флота
19 марта и 15 мая 1911 года “Иоанн Златоуст” и “Евстафии” соответственно были зачислены в состав действующего флота, а 29 июля — в сформированную бригаду линейных кораблей, в которую также вошли “Пантелеймон” и “Ростислав” (последнего после выхода из капитального ремонта 21 сентября 1912 года сменил “Три Святителя”). Экипажи новых кораблей приступили к интенсивному их освоению и обучению совместному плаванию. Во время одного из выходов в море, 26 мая 1911 года, “Иоанн Златоуст” едва не навалился на корму “Ростислава”, и только своевременная дача первым полного хода назад, а вторым — вперед помогла избежать столкновения. Причиной этого инцидента стало прекращение подачи электроэнергии на пароэлектрический привод управления рулем, и корабль дважды при перекладке руля лишался управления. Вызывалось это конструктивными недостатками паропровода к динамомашинам — в цилиндры их паровых приводов часто попадала вода, что приводило к остановке генераторов и прекращению подачи электроэнергии. На “Иоанне Златоусте” только в июле-сентябре 1910 года, в основном по указанной причине, шесть раз динамомашины выходили из строя.
Зачисление линейных кораблей в действующий флот еще не свидетельствовало об их полной готовности и в немалой степени, по мнению начальника Морского генерального штаба (МГШ), а впоследствии командующего Черноморским флотом вице-адмирала А.А. Эбергарда, носило формальный характер. К 1 августа 1911 года на “Евстафии” еще не закончили пригонку и выверку прицелов в башенных установках, отсутствовала электропроводка для освещения прицелов при ночной стрельбе и для гальванического воспламенения трубок 305- и 203-мм орудий. Некоторые погреба боезапаса не имели системы охлаждения.
Сдача приборов управления артиллерийским огнем системы Федорицкого, изготовлявшихся фирмой “Н.К.Гейслер и К°”, ожидалась не ранее середины октября. Задерживались, заказанные в Англии и дальномеры системы Барра и Струда (два с базой 2,74 м и один — 1,37 для “Евстафия” и два с базой 2,74 м и два — 1,37 для “Иоанна Златоуста”). 10 и 13 июня 1911 года соответственно с “Иоанна Златоуста” и “Евстафия” с помощью плавкрана сняли ходовые рубки весом по 4,9 т каждая. Это сделали по предложению командира “Иоанна Златоуста” капитана 1 ранга И.Н. Псиола о желательности “с боевой и воспитательной точек зрения”, сосредоточения управления кораблем исключительно из боевой рубки. Кроме того перенос на палубу ниже установленного на крыше носовой ходовой рубки главного компаса позволял несколько уменьшить девиацию и облегчал доступ к нему с мостика, что предоставило “значительные удобства в навигационном отношении”.
Со вступлением в строй линейных кораблей “Евстафий” и “Иоанн Златоуст” Российский флот занял доминирующее положение на Черном море. Оба они вместе с “Пантелеймоном” превосходили флот Турции — потенциального противника России, имевший в своем составе три устаревших линейных корабля. В качестве ответной меры в результате создавшегося дисбаланса сил турецкое правительство приняло решение об усилении своего флота тремя кораблями дредноутного типа английской постройки.