По завершении стапельного периода командир Николаевского порта контр-адмирал В.М. Зацаренный, по просьбе А.Э.Шотта, подал ходатайство о премировании его помощников A.JI. Коссова, В.К. Трсгубова и Ф.А. фон Гиршберга за проявленное ими усердие в подготовке корабля к спуску за месяц до назначенного срока. А.Э. Шотт особенно выделял последнего за “выдающуюся энергию и распорядительность” при проведении испытаний на водонепроницаемость всех междудонных и бортовых отсеков. На это А.А. Бирилев с сарказмом заметил: “Так ли быстро и хорошо идет постройка “Евстафия”, чтобы стоило что-либо платить за долгую и скверную работу?” Правда, А.Э.Шотта, вышедшего к этому времени в отставку, 6 декабря 1905 года удостоили ордена Св. Владимира 4-й степени.
Темп начатых достроенных работ, как уже упоминалось, оставлял желать много лучшего. Значительно успешнее шло изготовление главных механизмов, но монтаж их сдерживался неготовностью корпусов, так как его требовалось вести только после спуска кораблей на воду. К сборке машин на броненосце “Иоанн Златоуст” приступили лишь в первой половине мая 1906 года, и только спустя год их начали готовить к швартовным испытаниям. По той же причине, а также из-за отсутствия в Севастополе надлежащих складских помещений Франко-русский завод приостановил начатую в конце июля 1905 года отгрузку готовых паровых котлов для “Иоанна Златоуста”. Поэтому их установка, после готовности фундаментов, началась лишь со 2 августа 1906 года. В середине февраля следующего года приступили к монтажу оснований дымовых труб, 20 ноября 1907 года завершились гидравлические (несколько ранее, к середине мая того же года, на корабле собрали главные машины), а 7 февраля 1908-го — испытания под парами.
Аналогичная ситуация складывалась и на “Евстафии”, для которого во второй половине августа 1906 года опробовали приведением в движение вручную собранные в мастерских завода главные машины. Работы по их монтажу на корабле начались только 18 ноября и вместе с установкой шести паровых котлов кормовой группы завершились через год. Желание ускорить ход работ заставило строителей пойти на нарушение последовательности монтажа оборудования, начав сборку энергетической установки, не дожидаясь получения арматуры системы автоматического выравнивания крена, поставлявшейся фирмой “К. Зигель" (система соединяла между собой четыре угольные ямы каждого борта). Из-за возникших трудностей в ее монтаже, “Евстафий” в отличие от “Иоанна Златоуста” вступил в строй без нее.
Общая неготовность обоих кораблей, а также незаконченность установки остальных 16 паровых котлов “Евстафия” (их монтаж полностью завершили только к середине июля 1908 года) привели к необходимости отложить швартовные испытания и провести их незадолго до первого выхода кораблей в море, переведя до этого срока механизмы и котлы на долговременное хранение.
В процессе постройки имели место и досадные нарушения договорных обязательств поставщиками: например, установка десяти водоотливных турбин завершилась только к середине апреля 1909 года, с опозданием более чем на год.
Совершенствовались, хотя и не в такой степени, как вооружение и бронирование, различные механизмы и корабельное оборудование. Так, во избежание заклинивания пера руля предусматривалось устройство разобщения головы баллера руля от рулевой машины. Правда, о нем, применительно к “Евстафию”, вспомнили лишь в январе 1911 года, так как в наряде на изготовление устройства, выданном Ижорскому заводу, почему-то фигурировал только один “Иоанн Златоуст”. Само рулевое устройство, по опыту русско-японской войны, имело семь автономных приводов: паровой, электрический, пароэлектрический (электрическое управление золотниками паровой рулевой машины), гидравлический, ручной, от шпилевой машины и даже от самого шпиля.