Вскоре оба линкора прибыли на верфи для прохождения очередной модернизации. Кроме работ по замене орудий, также установили щиты для защиты от ветра на ходовом мостике и на мостике управления зенитным огнем и новые зенитные автоматы. По бортам линкоров проложили кабели размагничивания магнитных полей корпусов.
После модернизации во внешнем виде линкоров появились отличия в носовых надстройках и кормовых постах управления огнем.
Общие тактико-технические данные линкоров после модернизации 1936 года стали следующими:
Водоизмещение: нормальное 33130 т, ("Мутсу" 39400 т), полное 43807 т, ("Мутсу" 44011 т).
Длина: наибольшая 224,94 м, по ватерлинии 221,07 м (221,23 м "Мутсу"), между перпендикулярами 201,16 м, ширина наибольшая 34,6 м, ширина по ватерлинии 32,46 м, осадка 9,49 м, (9,58 м "Мутсу").
Линкор "Мутсу" имел следующие весовые нагрузки (вес в тоннах,/ % от водоизмещения): корпус 12074 /27,8, бронирование 8000/18,4, снаряжение 2626/ 6, артиллерийское вооружение 6827/15,7, торпедное вооружение 52/0,12, электрооборудование 546/1,3, авиационное вооружение 50/0,11, вода 159/0,36, механизмы 3711/8,5, жидкое топливо 3808/ 8,8, уголь 61/0,14 котельная вода 138/0,31, смазочное масло 79/ 0,18, бензин 26/0,15, остальное 26/0,15. Всего 43439 т/100.
Основным модернизационным направлением стало усиление мелкокалиберной зенитной артиллерии. В июле 1944 года перед операцией у Филиппин в верхней части надстройки была установлена антенна радиолокационной станции "Тип 21", затем во время стоянки в Куре на линкоре установили радиолокационную станцию "Тип 22", а на грот-мачте антенны двух радаров "Тип 13".
На 10 июля 1944 года мелкокалиберная зенитная артиллерия включала в себя 98 25-мм зенитных автоматов. К концу 1944 года их число достигало 128. В этот же период на линкоры установили две установки 127-мм орудий.
Вооружение
Вооружение линкоров на момент вступления в строй состояло из 8 406-мм орудий в четырех двухорудийных башнях. Длина 410-мм орудия равнялась 45,94 калибра или 18840 мм. Ствол имел 84 нареза, живучесть 250 выстрелов, мог выдержать максимальное давление пороховых газов в 3000 кг/ см². При начальной скорости 780 м/с снаряд при угле возвышения ствола 43° имел дальность полета 37900 метров.
Конструкция башенных установок позволяла обеспечивать скорострельность около двух выстрелов в минуту, иметь угол возвышения ствола +43°, снижения — 3°, скорость наведения по вертикали 8° в секунду, по горизонтали 2°.
Башни имели броню: лобовую 356 мм, тыльной части 190 мм, боковую 200 мм, крыши 270 мм.
406-мм орудия для "Нагато" и "Мутсу" изготовили японские оружейные заводы. Эти два корабля были первыми получившими их. Планировалось вооружить ими и линкоры "Toca" и "Кага", но работы на них были остановлены после заключения Вашингтонского соглашения, и шесть предназначенных для линкоров орудий установили на побережье в районе Ики на острове Цусима, а также у Корейского порта Пусан.
Бронебойные снаряды изготавливал военноморской Арсенал в Куре. За образец взяли 356-мм снаряды, закупленные в Англии для линейных крейсеров типа "Конго" (изготовлены фирмой Хадфелдс ЛТД в Шеффилде). Поле прибытия в Японию линейного крейсера "Конго" сотрудники Арсенала в Куре его внимательно изучили и разработали по его чертежам свою собственную конструкцию. Работы завершили к 15 июля 1925 года. Новый снаряд получил обозначение "бронебойный № 5". Последним "штрихом" в его доработке стали испытания с участием недостроенного линкора "Тоса".
В дальнейшем работы над бронебойными снарядами продолжили: их пытались сделать ныряющими, чтобы они могли поражать корпус под броневым поясом. Первые испытания таких снарядов провели в 1925 году, за ними последовал период доводки и новых испытаний. 6 апреля 1931 года снаряд приняли на вооружение как бронебойный снаряд "типа 88".
Противоминная артиллерия состояла из 20 140-мм орудий, находящихся в одиночных казематах. Работы над новым среднекалиберным орудием начали перед первой мировой войны. Состоящие на вооружении 150-мм орудия имели слишком тяжелые снаряды весом 45,4 кг и для японцев были слишком тяжелыми.