Начальник Генерального штаба предвидел такое развитие событий и в начале 1940 года в директиве военным советам Киевского и Западного особых военных округов определил: до возведения укрепленных районов по новой государственной границе существующие укрепрайоны не консервировать, а поддерживать в состоянии боевой готовности. В дальнейшем укрепрайоны Ленинградского, Западного особого и Киевского особого военных округов (за исключением Карельского, Каменец-Подольского и Могилев-Ямпольского) упразднялись. Было приказано «все существующие боевые сооружения в упраздняемых районах законсервировать, организовав их охрану». В первую очередь, снимались вооружение, боеприпасы, перископы, телефонные аппараты. Все это должно было размещаться в складах «в полной боевой готовности к выброске на рубеж».
Консервация укрепрайонов, оказавшихся в тылу, должна была проходить организованно. Для каждого укрепрайона было приказано «разработать штаты, необходимые для содержания законсервированных сооружений данного укрепрайона и складов для хранения снятого с них оборудования, а также план размещения складов, дислокацию и подчинение обслуживающих подразделений». Главной идеей консервации укрепрайонов было быстрое введение их в строй в случае стремительного продвижения противника в глубь территории СССР. Ввиду различного уровня готовности к введению фортификационных сооружений в строй, они подвергались полной или частичной консервации.
Часть укрепрайонов так и не была достроена, а оборудование и вооружение осталось в долговременных сооружениях без должной консервации и охраны. Так, например, комиссия Генерального штаба в сентябре 1940 года проверила состояние Минского укрепрайона. В результате было выявлено, что «оборудование, изъятое из сооружений и находящееся на складах, за подразделениями не закреплено и не укомплектовано. При передислокации пульбатов оставшееся оборудование никому не передано. Часть оставленного в сооружениях оборудования ржавеет и портится. Охрана сооружений и находящегося в них оборудования почти отсутствует». Масштабы преобразований давили на самих организаторов этих изменений. Высшее руководство было не в силах уследить за порядком на местах, а среднее и низшее звено управления не всегда придавало того значения укрепрайонам, которого они заслуживали. Опыт советско-финляндской войны и ограничение в силах и средствах привели к тому, что в Ленинградском военном округе строительство укрепленных полос полевого типа началось с возведения бутобетонных, каменно-бетонных, деревоземляных сооружений с усилением этих полос на важнейших направлениях группами железобетонных сооружений. Более серьезные долговременные сооружения пока не возводились. С самого начала в ПрибОВО, ЗапОВО, КОВО и ОдВО в рекогносцировках и строительстве укрепленных районов в предполье и в промежутках между укрепленными районами приняли участие войсковые части. Именно они стали пионерами в возведении новой линии укрепленных районов. С ликвидацией управлений укрепрайоны организационно стали подчиняться стрелковым дивизиям. Строительство отрывало много времени, и на боевую подготовку как у гарнизонов укрепрайонов, так и стрелковых частей и соединений катастрофически его не хватало.
Как показала практика, начатое в 1940 году строительство долговременных железобетонных сооружений к началу войны прикрывало не более 30 % протяженности новых западных границ. Их глубина была 3–4 километра. Довольно большие участки местности оставались открытыми или прикрывались легкими полевыми укреплениями, которые не могли полностью обеспечить устойчивость обороны, особенно в противотанковом отношении, что создавало предпосылки к их прорыву.
Ввиду отсутствия достаточного количества инженерной техники, к строительству укрепленных районов было привлечено огромное число людей. Строительные батальоны и вольнонаемные лишь частично удовлетворили потребность в строительных должностях. Это не могло не сказаться на темпах возведения оборонительных сооружений. Планы на ноябрь 1940 года по железобетонным работам были выполнены всего лишь на 50 %. К рытью противотанковых рвов во многих местах еще не приступали.
Несмотря на то, что контроль за ходом строительства укрепрайонов в округах возлагался на заместителей командующих войсками, темпы и качество возведения долговременных сооружений в укреплениях желали лучшего. В конце 1940 года специальные комиссии установили, что «оборонительное строительство ведется слабо, процент выполнения плана – низкий». А комиссия, проверявшая по решению командующего 3-й армией ход строительства Гродненского укрепрайона, выявила ряд существенных недостатков, которые были отмечены в постановлении Военного Совета армии, состоявшегося 28 сентября 1940 года:
«План по строительству Гродненского укрепрайона выполняется неудовлетворительно по вине его руководителей. Основными причинами являются: