В ночь на 22 июня 1941 года основные военные подразделения находились на работах по сооружению укреплённого района за пределами города Бреста, в лагерях, на стрельбище. В крепости оставалось военных от 7 до 8 тысяч человек. Почти половину личного состава успели вывести из крепости, но большая часть боевой техники и солдат были уничтожены в результате бомбардировки и артобстрела в первые минуты войны. 4000 ударов в минуту из 500 орудий фашисты обрушили на крепость площадью в 4 квадратных километра, на берега реки Мухавец и обводных каналов.
В первый день к девяти часам утра крепость была полностью окружена. Оставшимся в ней стало ясно, что выйти в намеченные районы сосредоточения не удастся, и 24 июня командиры и политработники собрались, чтобы выработать единый план обороны цитадели. Одни предлагали всё же пробиваться сквозь кольцо врага к своим, другие – оборонять крепость. «Мы не получали приказа об отходе и должны защищать крепость», – горячо и решительно заявил капитан И.Н. Зубачёв. После уточнения обстановки на участках собравшиеся единодушно пришли к выводу – организовать единое руководство обороной. Исторический приказ № 1 об обороне крепости доверили подписать Зубачёву. Оборона крепости приняла организованный, по тем условиям, характер. Заместителем командира был назначен вдумчивый, неторопливый полковой комиссар Е.М. Фомин.
В трёх томах книги «Память» города Бреста и Брестского района, в которую занесено более двух с половиной тысяч россиян, журналистке Смирновой удалось найти данные о 68 бойцах и командирах Красной армии, призванных из тридцати одного района Подмосковья. Среди них, конечно, один из руководителей обороны Брестской крепости – Иван Зубачёв, который родился в 1898 году в селе Подлесная Слобода Луховицкого района. Оттуда он добровольцем ушёл на Гражданскую войну, где вступил в партию. Вернувшись с фронта, работал секретарём волостного, а потом Коломенского уездного партийного комитета. Как кадровый офицер Красной армии командовал стрелковым батальоном в боях на финском фронте. Там он служил в 44-м стрелковом полку под командованием П.М. Гаврилова и вместе с ним в составе 42-й дивизии в 1939 году прибыл в Брестскую крепость. Зная его дисциплинированность и ответственность, Гаврилов назначил Зубачёва своим заместителем по хозяйственной части. Но душа у Ивана Николаевича рвалась назад, в батальон. И не знал он, что вскоре опять станет боевым командиром, организатором защиты, а потом – боёв на прорыв из окружённой врагом и сражавшейся насмерть Брестской крепости.
Оказавшиеся в окружении командиры и солдаты, не имея ни танков, ни артиллерии, приняли на себя огонь, отвлекая огромные силы вооружённых до зубов фашистов. «Теперь мы уже не отличали день от ночи: рукопашные схватки с врагом почти не прекращались, – рассказывал вернувшийся из плена бывший писарь 84-го стрелкового полка. – Капитан Зубачёв бросался вместе с нами в самые опасные места. Иногда я старался удержать его, тем более что он был не единожды ранен». Но силы были неравные. Вместе с группой своих бойцов, оказавшись под завалом, тяжелораненые Зубачёв и Фомин попали в плен. Фомин был выдан предателем, и его расстреляли у Холмских ворот. А Зубачёва как рядового отправили в лагерь военнопленных.
О дальнейшей его судьбе писатель Сергей Смирнов узнал после долгих поисков, когда ему удалось разыскать майора Гаврилова, получившего позже звание Героя Советского Союза. Оказалось, что судьба свела Гаврилова со своим заместителем в 1943 году в лагере Хаммельсбург в Германии. Только один раз удалось им увидеться. Измождённые, измученные, оборванные, униженные, они стояли по обе стороны колючей проволоки, разделявшей их блоки, и, глядя друг на друга, молча плакали. «Да, не оправдали мы с тобой своих должностей», – только и сказал Гаврилов. Даже в эти минуты их не покидало чувство невыполненного долга. В 1944 году Зубачёв умер от туберкулёза в том же лагере, там и был похоронен товарищами. Всего год не дожил он до Победы, в которую так верил с первых дней войны и до последних дней своей жизни. Посмертно И.Н. Зубачёв награждён орденом Отечественной войны I степени.