В начале 30-х годов в Москве и Ленинграде начались расправы над профессорами-гуманитариями по так называемому Делу Академии наук. Было арестовано 115человек, среди которых крупнейшие советские историки С.Ф. Платонов (автор самого знаменитого дореволюционного учебника по русской истории), Е.В. Тарле, С.В. Бахрушин, В.И. Пичет и др., а следом за этим аресты прокатились по всему Черноземью. Фабрикуется "дело" Воронежской областной контрреволюционной монархической организации "Краеведы", руководителем которой объявляется известный воронежский историк профессор С.Н. Введенский.
Учёных и других представителей интеллигенции арестовывали по самым невероятным обвинениям, включая шпионаж, вредительство и даже попытку свержения советской власти. Но на самом деле цель преследовалась одна: отсечь людей от их корней и традиций, разрушить любовь к прошлому своей страны.
После этих событий историческое краеведение в СССР фактически заглохло, основное внимание стало уделяться изучению послереволюционных событий. Да и само "Дело краеведов" было прекращено только в 1978году - "за отсутствием события преступления". По абсолютно надуманному обвинению безвинно пострадали 92человека: пятерых приговорили к расстрелу, а остальные получили различные сроки, в их числе и П.Н. Черменский, приговорённый к 10годам в Соловецком концлагере. И только в 1939году он был освобождён досрочно за работу на строительстве знаменитого Беломорканала.
Заключение тяжело отразилось на личности П.Н. Черменского. Он стал более осторожным, замкнутым, избегал любой административной работы. О возвращении в большую науку речи уже не шло. Настоящей жизненной трагедией было то, что остался нереализованным огромный потенциал учёного, который был в нём заложен. На склоне лет П.Н. Черменский с горечью говорил: "Подчистую всё 30-е годы вычеркнули из моей жизни. За что - убей не знаю[?]".