К 1947 году обстановка изменилась. Валленберг категорически отказался работать на советскую разведку. Нюрнбергский процесс закончился, а его семейство не высказывало заинтересованности в судьбе Рауля. О причинах такой странной позиции поведал в интервью Шведскому телеграфному агентству (ТТ) сводный брат Валленберга Ги фон Дардель, заявивший: «Причина состояла в том, что империя Валленбергов осуществляла в конце Второй мировой войны крупные дела в Венгрии и Германии, о которых Рауль знал, возможно, слишком много».
Зато шведское правительство с апреля 1945 года бомбардировало НКИД СССР запросами о судьбе Валленберга: было послано восемь нот и состоялось пять устных бесед. Поэтому вопрос о дальнейшей судьбе арестованного дипломата надо было как-то решать. 14 мая 1947 года Вышинский, являвшийся тогда заместителем В. Молотова по разведывательной работе, направил на его имя служебную записку:
«Тов. Молотову.
В конце 1944 г. шведы обратились в НКИД СССР с просьбой взять под защиту первого секретаря шведской миссии в Будапеште Рауля Валленберга.
16 января Миссии было сообщено, что Валленберг обнаружен и взят советскими военными властями под свою защиту.
24 апреля 1945 г. шведы сообщили в НКИД СССР, что среди отправленных из Будапешта в Швецию сотрудников Миссии Валленберга не оказалось, и просили его разыскать. Эти запросы со стороны шведов в дальнейшем многократно повторялись как в письменной (8 нот), так и в устной форме (5 бесед).
15 июня 1946 г. на приеме у тов. Сталина б. шведский посланник Седерблюм обратился к тов. Сталину с просьбой поручить навести справки о судьбе Валленберга…
…мы неоднократно, устно и письменно, запрашивали в течение 1945 и 1946 гг. “Смерш”, а позднее МГБ о судьбе и местопребывании Валленберга, в результате чего лишь в феврале с.г. в разговоре с тов. Новиковым тов. Федотов сообщил, что Валленберг находится в распоряжении МГБ, и обещал доложить Вам лично о дальнейших мероприятиях МГБ по этому делу.
Поскольку дело Валленберга до настоящего времени продолжает оставаться без движения, я прошу Вас обязать тов. Абакумова представить справку по существу дела и предложения о его ликвидации».
Существует мнение, что в последнем абзаце этой записки Вышинский настаивает не на том, чтобы закрыть дело и выпустить Валленберга (тогда бы была использована формулировка «прекратить дело»), а чтобы глава МГБ Абакумов представил план уничтожения арестованного как нежелательного лица для советского руководства.
Впрочем, эта записка порождает и еще одну версию причин ареста Валленберга — обычную бюрократическую неразбериху. Возможно, таким образом трансформировалась в ходе путешествия по инстанциям просьба шведского НКИД взять дипломата под защиту. А сообразив, что они натворили что-то не то, «Смерш» и МГБ «ушли в глухую несознанку», попросту не отвечая на запросы. Возникла та ситуация, когда держать человека тюрьме не за что, а выпускать — неприятностей не оберешься.
Надо было как-то выкручиваться из неприятного положения, и ведомства вывернулись самым простым способом. По официальной версии, Валленберг 17 июля 1947 года умер в камере Лубянской тюрьмы, о чем говорится в следующем рапорте на имя Абакумова:
«Докладываю, что известный Вам заключенный Валленберг сегодня ночью в камере внезапно скончался, предположительно вследствие наступившего инфаркта миокарда.
В связи с имеющимися от Вас распоряжениями о личном наблюдении за Валленбергом прошу указания, кому поручить вскрытие трупа на предмет установления причины смерти.
Начальник санчасти тюрьмы полковник медицинской службы Смольцев. 17.VII.47 г.».
Кроме того, на рапорте есть приписка Смольцева: «Доложил лично министру. Приказано труп кремировать без вскрытия. 17.VII. Смольцев».
Так что, похоже, Валленберг все-таки не умер, а был убит. Для этого достаточно было перевести его в спецкамеру «Лаборатории-Х», которая находилась рядом с Лубянской тюрьмой, и под видом лечения сделать смертельную инъекцию. Это не составляло никакого труда, тем более что начальник лаборатории Майрановский имел большой опыт в проведении таких операций начиная с 30-х годов. Разумеется, санчасть тюрьмы не была поставлена в известность о сделанной инъекции и констатировала смерть Валленберга в обычном порядке.
В это же время МИД получил указание отвечать на запросы шведов, что Валленберга в СССР нет. И уже 18 августа 1947 года Вышинский направил послу Швеции в СССР письмо, в котором, в частности, говорилось:
«В результате тщательной проверки установлено, что Валленберга в Советском Союзе нет и он нам неизвестен.
Действительно, 14 января 1945 года Министерство иностранных дел СССР получило краткое сообщение, основанное на косвенных данных одного из командиров воинских частей, которая вела бои в Будапеште, о том, что на улице Бенцур якобы был обнаружен Валленберг…
Проводились тщательные расследования и розыск Валленберга, однако это к положительным результатам не привело, а советский офицер, сообщавший о Валленберге, не найден. В лагерях для военнопленных и интернированных Валленберг также обнаружен не был…»