Генеральные советники литовского самоуправления и офицеры мешкали, искали аргументы, чтобы отказаться от создания частей, подвластных немецкому генералитету. Штаб МДЛ с требованиями и самоволием немцев не согласился, и уже 15 мая в Каунасе руководство дружины вместе с генералом П. Плехавичюсом и начальником штаба О. Урбонасом были арестованы гестапо и отправлены в Саласпилсский концентрационный лагерь (Латвия)[134]
. Затем уже сформированные части были ликвидированы{579}. Большинство их чинов были вывезены в Германию и переданы в вспомогательные части немецких военно-воздушных сил. Часть чинов МДЛ укрылась в лесах. Некоторые части МДЛ не успели разойтись и скрыться, поэтому были застигнуты немцами. Так случилось в Калварии, где подразделение МДЛ с утра окружила рота СС, литовцы имели менее сотни французских винтовок без патронов{580}. Немцы арестовали, насильно одели в униформу военно-воздушных сил и вывезли в Германию около 3500 мужчин, которые служили в наземной службе военно-воздушных сил в Германии и в Норвегии, несколько десятков литовцев были расстреляны во время ареста. В Вильнюсе (в Панеряй) при разоружении 310-го батальона было расстреляно 13 литовцев, 17 мая — 17 солдат 306-го батальона, а 21 мая — ещё 53 бойцов. За казнью своих товарищей обязаны были наблюдать десять отобранных немцами бывших солдат МДЛ. Из арестованных бойцов 110 очутились в концентрационном лагере Штутхов.Прибывший 15 мая 1944 г. в Каунас высший руководитель СС и полиции в Ф. Еккельн заявил, что литовская нация, как негодная, выбрасывается из сообщества создателей «новой Европы».
Начальник мобилизационного штаба полковник Генерального штаба А. Биронтас 24 мая огласил в печати, что члены МДЛ, «<…> которые выразят добровольное желание, смогут и дальше остаться в батальонах литовской полиции или в местных комендатурах. Для этой службы их обратно принимают местные коменданты, которые позже об этом сообщают областному руководителю СС и полиции, а также и начальнику мобилизационного штаба <…»>{581}
.Руководитель СС и полиции в Литве 27 мая 1944 г. объявил в литовской печати о том, чтобы все офицеры и солдаты ликвидированной МДЛ сдали в военную комендатуру униформу, оружие и боеприпасы. Это указание выполнили только 7% воинов МДЛ, это оружие было передано литовской полиции{582}
. Из остальных вооружённых воинов стали создаваться литовские партизанские отряды, общая численность которых составила более 8000 человек. Летом того же года перед этими соединениями была поставлена невыполнимая задача — остановить приближающиеся советские войска на литовской границе. Абсурдность такого задания понимали члены Верховного комитета освобождения Литвы, которые со вступлением Красной армии в пределы Литвы призывали народ к пассивной форме сопротивления. Однако пассивное сопротивление оказалось неэффективным, и уже осенью 1944 г. отряды литовских партизан вступают в вооружённую борьбу с войсками НКВД и регулярными частями Красной армии. О размахе сопротивления свидетельствует численность партизанских отрядов, в которых к весне 1945 г. насчитывалось уже около 30 000 бойцов. Своей цели литовское партизанское движение не достигло — слишком неравными были силы, но литовский народ продемонстрировал свою волю к независимости.В начале 1944 г., когда Красная армия готовилась к очередному вторжению в Прибалтику, начальник VI управления Главного имперского управления безопасности бригадефюрер СС Вальтер Шелленберг
После приближения фронта к Литве 24 июня 1944 г. усилиями генерала П. Кубилюнаса было получено разрешение немцев в уездах создать охранные команды[135]
. Немцы поняли, что литовцы будут сопротивляться новой советской оккупации, а это им было выгодно. Развитие событий на фронтах войны привело к тому, что в июле 1944 г. приказом Гиммлера было объявлено решение об образовании самостоятельных формирований литовских, латышских и эстонских националистов. Подбором и подготовкой кадров для этих формирований занималась в основном немецкая разведывательная организация — истребительное соединение войск СС