Во время войны, особенно в её начальный период, шёл процесс неустанного изменения структур литовской полиции безопасности и уголовной полиции. В отдельных местах округов полиции безопасности были учреждены учреждения районных начальников полиции безопасности. Например, 28 июля 1941 г. был учреждён Таурагский район Государственной полиции безопасности, который охватил весь Таурагский уезд. Аппарат полиции безопасности уезда имел 9 штатных сотрудников (начальник района, заместитель начальника — заведующий агентурной частью, чиновник следствия, заведующий отдела сведений, заведующий общего отдела, младший чиновник, старший писарь и два полицейских){150}
.Управление Вильнюсского округа литовской полиции безопасности (руководитель Александрас Лилейкис) состояло из канцелярии, отдела сведений, комиссариатов коммунистов, поляков и национальных меньшинств и отдела наблюдения. Работать литовской безопасности в Вильнюсском округе было особенно трудно. Здесь действовали сильные польские и большевистские организации, а с лета 1943 г. — большие соединения советских партизан и группы польской Армии Крайовой. В компетенции Вильнюсского округа литовской полиции безопасности было 10 районов (Эйшишкяйский, Майшягальский, Тракайский, Кайшядорский, Швенчёнский, Пабрадский, Яшюнский, Нововильняйский, Ашмянский и Свирский), а город Вильнюс в свою очередь был разделен на 7 районов{151}
. С самого начала этот округ назывался «Вильнюсский округ Литовской вспомогательной полиции государственной безопасности» (начальник Норбертас Микшис —В конце 1941 г. к Шяуляйскому округу литовской полиции безопасности (36 сотрудников) принадлежали города и уезды Шяуляй, Таураге и Расейняй, а сам город был разделён на два района. Тялыняйскому округу литовской полиции безопасности (28 сотрудников) принадлежали города и уезды Телыпяй, Кретинга и Мажейкяй{153}
. С ноября 1942 г. Шяуляйский округ литовской уголовной полиции был упразднён и присоединён к Шяуляйскому округу литовской полиции безопасности и назван Шяуляйский округ полиции безопасности и уголовной полиции (начальник Иозас Пакулис —Управление Каунасского округа литовской полиции безопасности состояло из канцелярии, I (коммунистов), III (поляков), IV (правых течений) и V (экономика) комиссариатов и отдела наблюдения. В ведении этого округа были Кедайняйский, Вилькияйский, Ионавский, Расейняйский районы и Гуджюнский пункт. В каждом районе работало по 2–3 сотрудника. Город Каунас был разделён на 8 районов, в которых работали по 1–2 сотрудника.
В феврале 1942 г. в Паневежском округе литовской полиции безопасности (начальник Антанас Лиепа —
Директор Департамента государственной безопасности (ДГБ) С. Ченкус 22 июля 1941 г. обратился к директору Департамента полиции с просьбой, чтобы полиция порядка и железнодорожная полиция получили указание ежедневно представлять в ДГБ короткие и ясные сведения обо всех политических, уголовных и важных событиях{156}
.Приказом директора Департамента государственной безопасности С. Ченкуса с 1 ноября 1941 г. районные подразделения Уголовной полиции Каунаса и Вильнюса были упразднены, а для расследования отдельных уголовных преступлений были созданы девять комиссариатов:
I комиссариат — убийства, самоубийства, телесные повреждения, пропавшие без вести и неопознанные трупы, грабёж, пожары и поджоги, аборты, катастрофы и несчастные случаи, связанные с потерей жизни.
II комиссариат — воровство и рецидивизм.
III комиссариат — воровство и присвоение, самовольное использование чужого имущества.
IV комиссариат — обман, подлог, шантаж и вымогательство, преступления служащих в учреждениях.
V комиссариат — спекуляция, чёрный рынок, накопление запасов и другие преступления военного времени.
VI комиссариат — сексуальные преступления и дела малолетних преступников.