В отношении дислокации и управления ЛЧС была разделена на четыре округа: Вильнюсский — командир полковник Генерального штаба И. Краунайтис, начальник штаба подполковник И. Юкнявичюс; Каунасский — командир подполковник Казис Лабутис (Kazys Labutis),
начальник штаба подполковник Иозас Янкаускас (Juozas Jankauskas); Шяуляйский — командир подполковник Генерального штаба Пятрас Вертялис (Petras Vertelis), начальник штаба подполковник Александрас Андрюлайтис (Aleksandras Andriulaitis) и Паневежский — командир полковник Пятрас Гянис (Petras Genys), начальник штаба майор Эрнестас Блюдникас (Ernestas ßliudnikas){351}. Командиры округов и их штабы были подчинены местным командирам немецкой полиции порядка. Прежние службы СВВ и их референтуры были названы 1-м, 2-м и 3-м батальонами. До октября 1941 г. в Вильнюсе было полностью сформировано пять батальонов самообороны, все они имели свои номера (например, 1-й Вильнюсский батальон самообороны и т.д.). По состоянию на 24 октября 1941 г. личный состав вильнюсских литовских батальонов самообороны был следующим: 1-й — 10 офицеров и 334 солдата, 2-й — 18 офицеров и 450 солдат, 3-й — 24 офицера и 607 солдат, 4-й — 8 офицеров и 253 солдата, 5-й — 22 офицера и 228 солдата{352}. Из упомянутых пяти батальонов 2-й Вильнюсский батальон самообороны в составе 500 бойцов и 3-й Вильнюсский батальон самообороны в составе 600 бойцов были полностью сформированы и ждали приказа немцев убыть за пределы Литвы для выполнения охранных или боевых функций. 5-й Вильнюсский батальон самообороны приказом военного коменданта Вильнюса был прикреплен к охране железной Дороги. Этот батальон охранял два участка железнодорожной линии: Вильнюс — Даугавпилс и Вильнюс — Молодечно; тем временем 1-й Вильнюсский батальон самообороны почти всю войну выполнял полицейские функции в самом городе Вильнюсе.Командир 1-го Вильнюсского батальона охраны, затем начальник штаба полицейских батальонов Вильнюсского уезда полковник-лейтенант И. Юкнявичюс (J. Juknevičius)
С 1 декабря 1941 г. все литовские части самообороны, кроме Гарнизонов Вильнюса и Каунаса, перешли в подчинение командира немецкой жандармерии в Литве капитана жандармерии Николауса Брогмуса (Nikolaus Brogmus){353}
. Делами окружных батальонов и частей в Каунасе начал заниматься Штаб офицера связи при командире немецкой полиции порядка в Литве, который был создан 1 июня 1942 г. после упразднения штаба инспектора ЛЧС. Штаб офицера связи поддерживал тесные отношения с батальонами, комплектовал их, обучал новобранцев, заботился о семьях бойцов. Непосредственного влияния на руководство частями и распределение задач штаб не имел. Задачи батальонам ставили те части и учреждения немецкой полиции или армии, к которым они были прикреплены, они же занимались вопросами снабжения батальонов.В то время (осень 1942 г.) в Вильнюсском округе ЛЧС уже были сформированы семь батальонов самообороны, из которых 2-й, 3-й, 4-й и 15-й покинули Вильнюс, а в городе Вильнюсе и его окрестностях остались 1-й сторожевой, 6-й железнодорожный и вновь создаваемый батальон новобранцев. В сентябре 1942 г. батальон новобранцев был послан на учения в район восточнее Вильнюса, в городок Пастовяй Швенчёнского уезда. Здесь ему был присвоен постоянный номер — 254Е. Командиром был назначен капитан Повилас Барейшис (Povilas Bareišis).
Вскоре батальон был послан в городок Шарковщина (Белоруссия) и перешёл в подчинение командира немецкой полиции порядка в Белоруссии. Приказом командира немецкой полиции 1 октября 1942 г. Вильнюсский округ ЛЧС был упразднён{354}.