Оккупация Литвы нацистами также не принесла нашему герою особых проблем. Ему была предложена должность министра коммунального хозяйства во Временном правительстве Шкирпы-Амбразявичюса. Как уже отмечалось, 25 июня 1941 г. В. Ландсбергис-Жямкальнис подписал известное благодарственное письмо Гитлеру, в котором также содержалось положение о национализации имущества, принадлежавшего «евреям и лицам, активно действовавшим против интересов литовского народа».
В перечень обязанностей новоиспеченного министра, помимо коммунальных проблем, входила организация еврейских гетто в городах Литвы. В это же время Ландсбергис-Жямкальнис сотрудничал с советским подпольем, возглавляемым известным нам Валунасом, взявшим себе псевдоним Юозас Витас. Он укрывал членов семьи Витаса на даче в поселке Качергине (под Каунасом) и материально поддерживал подпольщиков.
Вскоре Витас был арестован гестапо, а подполье — разгромлено. Однако укрывателю странным образом удалось выкрутиться из этой смертельно опасной ситуации. Бывший соратник Витаса по подполью, декан юридического факультета Вильнюсского университета Андрюс Булота сообщил Петкявичюсу, что все оставшиеся в живых подпольщики обвиняли в «провале» Ландсбергиса-Жямкальниса, но доказательств этому не было (См. «Laisvas laikrastis», 2004, № 26. http://www.mediabv.It/res_zinpr_det.php?id=3973).
Сам же Ландсбергис-старший в автобиографии, написанной в советские времена, скромно указывал род занятий во время войны: «партизанил». Свой уход на Запад он объяснял желанием спасти сына Габриэлиса, который был вывезен в Германию. И вот здесь начинается невероятное. В Германии, где свирепствовало гестапо, ликвидируя предателей и врагов Рейха, Ландсбергис-Жямкальнис чувствовал себя свободно. Он, в поисках сына, без особых усилий посещал некоторые лагеря и тюрьмы. И это в нацистской Германии. Так вести мог себя только человек, у которого была мощная охранная грамота. Ну не меньше, чем от шефа гестапо Мюллера или главы РСХА (Главного управления имперской безопасности) Кальтенбруннера. Ну а для этого надо было иметь особые заслуги перед Рейхом. Видимо, у Жямкальниса они были.
Как уже говорилось, после войны Ландсбергис-старший остался в Германии и помогал выявлять военных преступников. Известно, что об этих его «подвигах» в советской Литве была даже издана книжка, но никаких сведений о ней не удалось обнаружить. Дополнительно об этом этапе судьбы Ландсбергисов можно прочитать у историка Вилюса Маркявичюса. (См. «Laisvas laikrastis», 2005, № 2). В 1959 г., в период хрущевской оттепели, Ландсбер-гис-Жямкальнис вернулся в Литву.
Ну а дальше повторились «чудеса», аналогичные тем, которые сопровождали его во время пребывания в нацистской Германии. Начнем с того, что решение о том, что «возвращенец» Ландсбергис-Жямкальнис будет жить в Литовской ССР, принималось на самом высшем уровне советского руководства. Достаточно сказать, что постановление о возврате ему дома в элитном поселке Качергине, конфискованного у него в 1944 г., подписывал лично председатель Совмина СССР А. Косыгин.
Тогдашние руководители Литвы Антанас Снечкус и Мотеюс Шумаускас были против возвращения эмигранта. Но с Москвой особо не поспоришь. Ландсбергису был возвращен дом, предоставлена государственная квартира в Каунасе и назначена персональная пенсия союзного значения. Трудоустроен он был старшим архитектором Института городского и сельского строительства в Каунасе. Помимо этого получил право работать на общественных началах в обществе «За возвращение на Родину», куда вход непроверенным людям был заказан.
В ответ на попытку корреспондента газеты «Tiesa» Витаутаса Петкявичюса выяснить у самого Ландсбергиса-Жямкальниса подробности его возвращения на родину, тот заявил: «Власть знает о моем возвращении всё. Идите и говорите с ней!»
Указания из Москвы относительно Ландсбергиса-старшего были даны как по партийно-советской линии, так и по линии КГБ. Когда Витаутас Петкявичюс по поводу Жямкальниса обратился к тогдашнему председателю КГБ Литовской ССР Юозасу Петкявичюсу, тот ответил: «Я не обсуждаю приказов, я их выполняю».
О том, что Москва строго контролировала ситуацию с обустройством возвращенца в республике, свидетельствует следующий факт. Тогдашний председатель Каунасского горисполкома Юозас Шерис рассказал Петкявичюсу о том, что получил нагоняй от Снечкуса за то, что с задержкой предоставил Ландсбергису-Жямкальнису не совсем надлежащую квартиру. Снечкус же в свою очередь получил головомойку от Москвы. Остается лишь удивляться степени внимания, которое Москва уделяла такой личности.