При пении тропарей и кондаков священник читает тайную «Молитву Трисвятого пения», заканчивая ее после окончания пения последнего кондака заключительным возгласом вслух: яко свят еси Боже наш, и тебе славу возсылаем, Отцу, и Сыну, и Святому Духу, ныне, и присно. Молитва эта находится в непосредственной логической связи с идеей входа и молитвой входа, в которой говорится о сослужении со священником и самих небесных сил. Непосредственно перед этим заключительным возгласом диакон берет благословение у священника и выходит через царские врата на амвон, где ждет окончания возгласа: «ныне, и присно», после чего возглашает, показуя орарем к иконе Христовой: Господи, спаси благочестивыя и услыши ны. Певчие повторяют эти слова. Затем диакон, обводя орарем, показуя уже на людей, лицом к западу, заканчивает возглас священника, возглашая громогласно: «и во веки веков», после чего входит царскими же дверями в алтарь. Возглас: «Господи, спаси благочестивыя» сохранился до нашего времени из церемониала византийской царской службы, когда на литургии присутствовали византийские цари, к которым и относился этот возглас. (Если священник служит без диакона, то он не возглашает — Господи спаси благочестивыя, а заканчивает сразу возглас. В ответ на возглас: «и во веки веков», поется Трисвятое, то есть: Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный, помилуй нас. Поется Трисвятое на обычной литургии трижды, затем поется: Слава Отцу, и Сыну, и Святому Духу, и ныне, и присно, и во веки веков, аминь. Святый безсмертный, помилуй нас. И в заключение еще раз поется полностью повышенным голосом. При архиерейской литургии Трисвятое поется всего семь с половиной раз поочередно ликами и священнослужители в алтаре, причем, после третьего раза архиерей выходит на амвон с дикирием в правой руке и крестом в левой, произносит особую молитву о предстоящих в храме: Призри с небесе, Боже, и виждь, и посети виноград сей и утверди и, его же насади десница твоя, и осеняет на три стороны молящихся крестом и дикирием, после чего возвращается в алтарь.
Пение Трисвятого вошло в обычай с V столетия. При императоре Феодосии II–ом, как сообщает преп. Иоанн Дамаскин в своей книге «О вере православной», и архиепископе Прокле в Константинополе произошло сильное землетрясение. Христиане вышли за город вместе со своим архиепископом и совершали там молебствие. В это время один отрок был восхищен горе (поднят в воздух) и затем поведал народу, как он слышал дивное ангельское пение: «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный». Народ, узнав об этом откровении, бывшем отроку, тотчас же воспел эту песнь с прибавлением слов: «Помилуй нас», и землетрясение прекратилось. С того времени этот гимн вошел в чин божественной литургии. Во время пения Трисвятого и священнослужители в алтаре перед престолом, трижды поклоняясь, произносят про себя эту же молитву.
В некоторые дни церковного года пение Трисвятого заменено пением других песнопений. Так, в дни выноса креста на праздник Воздвижения Креста Господня 14 сентября и в Неделю 3–ью Великого поста, называемую Крестопоклонной на литургии, вместо Трисвятого, поется: Кресту Твоему покланяемся, Владыко, и святое Воскресение Твое славим. В праздники Рождества Христова, Богоявления, в Лазареву субботу, в Великую субботу, во все семь дней празднования Пасхи и в первый день праздника Пятидесятницы, вместо Трисвятого, поется стих: Елицы во Христа крестистеся, во Христа облекостеся, Аллилуиа, в память того, что к этим дням в древности приурочивалось крещение оглашенных. Молитва Трисвятого, однако, остается одной и той же.
При архиерейской литургии Яко свят еси, Боже наш — это первый возглас, произносимый архиереем, который до того времени безмолвствует, стоя посреди храма.