Но КГБ продолжал внимательно следить за внутренней ситуацией в Литве, которую оно охарактеризовало как «конституционный кризис». Уже 22 марта 1990 года первый заместитель председателя КГБ Станислав Цаплин предложил «создать в центральных средствах массовой информации впечатление, что в Литве сформировался профашистский тоталитарный режим». Стремясь каким-либо образом заставить Верховный Совет Литовской Республики изменить свою позицию, литовское отделение КГБ Советского Союза предложило создать такую ситуацию, при которой выход Литвы из состава СССР был бы бесполезен. Уже осенью 1989 года начали создаваться «национальные округа и прилегающие территории» (районы Вильнюса и Шальчининкай на востоке Литвы). Литва должна была быть разделена: Вильнюсская область, Клайпедская область и город Снечкус (ныне Висагинас) с атомной станцией должны были остаться в составе Советского Союза. 27 июля 1990 года «Комитет граждан Литовской ССР» заявил, что «право Литвы на выход из состава СССР может быть реализовано только на территории тех границ, в которых она обладала суверенитетом в 1938 году».
Пока Литва ждала хотя бы начала каких-то символических переговоров, Советский Союз не отказался от демонстрации силы и военного давления: вооруженные силы начали охранять советские памятники в Вильнюсе и Клайпеде; 20 декабря 1990 года в Клайпеду были введены патрули вооруженных солдат, которым было предоставлено право арестовывать граждан Литвы по своему усмотрению. Психологическая, пропагандистская и политическая «холодная война» против Литовской Республики продолжалась. В начале января 1991 года концентрация советских войск в крупнейших городах Литвы увеличилась. Командующий Балтийским военным округом лейтенант. Gen. Федор Кузьмин сообщил Ландсбергису во время телефонного разговора, что по приказу министра обороны Язова будет введено подразделение десантников особого назначения (для принудительного призыва молодежи в советскую армию). Предполагалось захватить 9 400 молодых людей.
После того, как правительство Литвы приняло решение повысить розничные цены на продукты питания с 7 января, уже утром 8 января протестующие против этого сторонники ЛКП (КПСС) и «Единства» попытались штурмовать здание Верховного Совета. Хотя Сейм Литовской Республики отменил решение правительства о повышении цен, напряженность еще больше усилилась, и был запущен план государственного переворота. В тот же день подразделения Псковской десантно-штурмовой дивизии высадились в Литве. На следующий день прибыла группа «Альфа» КГБ.
7 января Бурокявичюс в своем письме Горбачеву потребовал введения прямого президентского правления и восстановления советской власти в Литве. ЛКП (КПСС) разрабатывала планы захвата важнейших объектов в Вильнюсе, Каунасе и других крупных городах Литвы, наладила отношения с КГБ СССР и Министерством обороны. В нем также предлагалось ввести чрезвычайное положение и только после того, как «политическая, экономическая и правовая ситуация» в Литве «стабилизируется», организовать выборы в Верховный Совет Литовской ССР. 7-8 января тайно действующий Комитет национального спасения подготовил план введения президентского правления в Литве.
При таких обстоятельствах 10 января 1991 года Горбачев выдвинул ультиматум: «[...] немедленно и полностью восстановить действие Конституции СССР и Литовской ССР, отменить ранее принятые антиконституционные акты». Силы советской армии приступили к выполнению ультиматума. Советские войска впервые с применением оружия заняли здания Министерства обороны Литвы в Алитусе, Каунасе, Шяуляе и Вильнюсе. Анонимная группа, называющая себя Комитетом национального спасения, объявила «[...] о своем долге захватить всю полноту власти в Литве». В два часа ночи 13 января 1991 года, после того как советская армия заняла здания Радио и телевидения, а также телебашню, Комитет национального спасения объявил, что он взял всю политическую власть в свои руки.