В 1800 году умерла Кристина Бойе, жена Люсьена Бонапарта, а в 1802 году он вернулся в Париж, где Наполеон дал ему место сенатора. Однако Люсьен, считая это слишком малым вознаграждением за свои услуги, начал открыто демонстрировать республиканские замашки и выступать против могущественного брата.
Попытки Наполеона женить овдовевшего брата на своей падчерице Гортензии де Богарне не увенчались успехом: Люсьен предпочел жениться на некоей Александрине Жубертон (урожденной де Блешан, вдове банкира Ипполита Жубертона), что вызвало крайнее неудовольствие Наполеона, заявившего, что он никогда не признает этот не согласованный с ним брак законным.
Историк Жан-Батист Капфиг рассказывает:
«Люсьен из духа противоречия торопил свой брак с мадам Жубертон. Свадьба была отпразднована тайно, но выглядело это, как некая бравада. Бонапарт был взбешен».
Усугубило ситуацию еще и то, что Наполеон в приступе гнева крикнул:
— Как тебе не стыдно! Ты же женился на шлюхе!
В ответ на это оскорбление Люсьен спокойно ответил ему:
— Ну и что! Она, по крайней мере, молода и красива…
Это был явный намек на возраст Жозефины, жены Наполеона, которая была на шесть лет его старше, и этого простить будущий император не мог.
Как видим, ситуация складывалась весьма похожая на ситуацию с браком Жерома Бонапарта. Но Люсьен был сильной личностью, и он не подчинился авторитаризму Наполеона. В результате в апреле 1804 года, не уверенный в своей безопасности, он вместе с женой уехал в Рим, где стал жить частной жизнью, пользуясь расположением папы Пия VII.
Также в Рим после этого уехала и мать Наполеона, вставшая на сторону Люсьена. С тех пор отношения между двумя братьями окончательно испортились. По некоторым данным, Наполеон несколько раз предлагал Люсьену корону при условии расторжения брака, но после личного с ним свидания в Мантуе, в очередной раз получив решительный отказ, запретил ему пребывание в Италии. В 1810 году Люсьен с семьей уехал в Соединенные Штаты, но по дороге был захвачен англичанами и препровожден на Мальту, а оттуда — в Плимут. Лишь в августе 1814 года он возвратился в Италию, где папа Пий VII, ненавидевший Наполеона и осуждавший его как «грабителя наследства Святого Петра», даровал ему титул принца де Канино.
Жан-Батист Капфиг оценивает поступок Наполеона следующим образом:
«В приступе ярости Бонапарт приказал вывести Люсьена из системы наследования, и дело потом было передано в Сенат, что выглядело крайне недостойно, словно корсиканская вендетта, направленная против своего родного брата».
Это выглядит удивительно, но после всего произошедшего Люсьен (а у него к тому времени уже было двое детей от первого брака и шестеро от второго), забыв обиды, поддержал свергнутого Наполеона. Он всеми силами содействовал возвращению его с острова Эльба, а после поражения при Ватерлоо пытался побудить его произвести новый государственный переворот.
В своих «Мемуарах» граф д’Оссонвилль пишет:
«Отношения императора со своими братьями представляются в самом отвратительном свете. Наполеон говорил, что Люсьен способен его убить […] Он произносил следующие слова, достойные тирана из мелодрамы: „Вам нечего меня бояться, я не деспот в своей собственной семье. Я никогда не совершу преступления“».
«Есть два рычага, коими возможно двигать людей, — испуг и индивидуальный интерес».
Я никогда не совершу преступления… А чем же тогда является то, что Великий Наполеон сделал со своим братом Жеромом?
На свою беду, Жером не был таким сильным и уверенным в себе человеком, как Люсьен, и он ничего не мог противопоставить железной воле старшего брата. Наполеон сломал его, подавил, подмял под себя, повинуясь одному лишь капризу. В дальнейшем подобное обращение с близкими людьми станет типичным для Наполеона. Ведь это подумать только! В 1802–1805 гг. он совершил множество великих дел: подписал столь необходимый Франции Амьенский мир с англичанами, короновал себя во Франции и в Италии, ввел в стране знаменитый Гражданский кодекс, создал Великую армию, которая очень скоро одержит блестящую победу при Аустерлице… И между всем этим он находил время на то, чтобы планомерно уничтожать семейное счастье своего младшего брата лишь по той причине, что тот посмел (!) сам выбрать себе жену…
«Войско баранов, возглавляемое львом, практически постоянно одержит победу над войском львов, возглавляемых бараном».
Жан-Батист Капфиг пишет: