Сын Исидора Юльевича, Михаил Исидорович (1872–1937), банковский работник, в 1935 г. был арестован и выслан с женой в Казахстан, где и умер. Его сын Сергей Михайлович Гессен (1898–1937), убежденный большевик, арестовывался еще Временным правительством, во время обороны Петрограда от войск Юденича был начальником политотдела 7-й армии, подавлял Кронштадтский мятеж. Потом был секретарем ЦК КИМа, членом Исполкома Коминтерна, заведовал агитпропом ЦК КП(б) Белоруссии, а потом занимал всё менее значительные должности, пока не был арестован, несколько раз судим (при этом ему ставилось в вину родство с И. В. Гессеном) и расстрелян в Минске после жесточайших пыток. Дочь Михаила Исидоровича, Ирина Михайловна (1903–1994), была замужем за известным ученым-фармакологом Василием Васильевичем Закусовым (1903–1981), который был арестован в конце 1952 г. по «делу врачей», а жена его по этому же «делу» – в начале следующего года. Она, единственная из Гессенов, попавшая в эту кровавую драму, держалась мужественно, как могла, отрицала связь с И. В. Гессеном, с арестованными ранее родственниками и врачами. Оба реабилитированы после смерти вождя.
О старшем сыне Исидора Юльевича Гессена, также двоюродном брате И. В. Гессена – Юлии Исидоровиче Гессене – уже было сказано подробно выше. Добавить можно лишь следующие фрагменты. Его женой была Аделия Иосифовна Харитон (1876–1954), братом которой был журналист Борис Иосифович Харитон (1876–1941). Он был отцом Юлия Борисовича Харитона (1904–1996), трижды Героя Социалистического труда, одного из ведущих советских разработчиков ядерного и водородного оружия.
Сын Юлия Исидоровича Гессена, Даниил Юльевич Гессен (1897–1943), как и его племянник Сергей Михайлович Гессен, был активным участником революционных событий 1917 года, потом служил в Красной армии, был журналистом «Красной газеты» в Ленинграде и убежденным троцкистом. Подвергался преследованиям со стороны властей за участие в оппозиции, в 1930–1936 годах находился в Соловецком лагере особого назначения. На второй день войны его снова арестовали, но, несмотря на жестокие пытки, он до конца оставался преданным Л. Д. Троцкому и был расстрелян на Урале 24 февраля 1943 года.