В Монголии Соднам Джамцо оставался до 1588 г. и умер в том же году в дороге, по пути в Тибет. Тело его было кремировано, пепел привезен в Лхасу и помещен в монастыре Дрепунг, настоятелем которого он был.
Дальнейший ход событий еще прочнее привязал секту Гелугпа к монголам. Перерожденец Соднам Джамцо был «найден» в Монголии и оказался не кем иным, как внуком Алтан-хана. Он и стал IV Далай-ламой Йонтан Джамцо (1589–1617).
Двенадцати лет от роду в 1601 г. IV Далай-ламу привезли из Монголии в Лхасу, где и был совершен обряд интронизации. Вместе с Далай-ламой в столицу прибыл отряд монгольской кавалерии. Йонтан Джамцо учился в монастыре Дрепунг, но его учителем был Ловзан Чхойджан из монастыря Ташилунпо. Ловзан Чхойджан получил от IV Далай-ламы титул «Великий Учитель» (панчен-лама) и стал, таким образом, первым панчен-ламой, основав новую линию перерожденцев, духовных учителей далай-лам. Панчен-ламы и далай-ламы находились друг с другом в сложных доктринальных отношениях. Панчен-ламы считаются перевоплощениями непосредственного ученика Цзонхавы — Гедуба (1358–1438), т. е., по существу, первый панчен-лама был уже четвертым перерожденцем к тому моменту, как он стал именно первым панчен-ламой. Вместе с тем до своей человеческой жизни в Гедубе панчен-лама является и перерожденцем будды Амитабы, так же как IV Далай-лама до своего перерождения в Йонтан Джамцо является и перерожденцем бодхисаттвы Авалокитешвары.
Амитаба и Авалокитешвара также состоят в отношениях специфического родства. Амитаба как будда (т. е. достигший нирваны, полного просветления, освобождения от страданий) пребывает в состоянии вечного покоя (бездеятельности). Миссию по спасению на грешной земле всех живых существ исполняет бодхисаттва (будущий будда) Авалокитешвара, своего рода эманация (истечение) Амитабы. Поэтому будду Амитабу и бодхисаттву Авалокитешвару можно образно назвать «отцом и сыном». Именно перед Амитабой Авалокитешвара произнес свой обет бодхисаттвы — помогать всем живым существам и особенно Тибету. Так что в плане доктринальном панчен-ламы могут претендовать на некоторый элемент старшинства перед далай-ламами.
IV Далай-лама жил под постоянной угрозой со стороны секты Кармапа и правителей Цзана, от которых в тот момент зависела и Лхаса. Тем более что Кармапа тоже не дремала и нашла себе покровителя в Монголии в лице чахарского Лигдан-хана. Но в эти же годы Кармапа начала ослабевать из-за внутренних распрей в секте между «Черными шапками», засевшими в Амдо, и «Красными шапками», опиравшимися на Цзан.
Тем не менее в 1605 г. в стычке с Кармапой IV Далай-лама потерпел поражение, и отряды Кармапы вошли в Лхасу. Монгольский отряд, пришедший с IV Далай-ламой из Монголии, был изгнан из города. Начался последний этап борьбы Гелугпы и Кармапы за власть над Тибетом, борьбы областей Уй и Цзан за гегемонию в стране. Кармапа одолевала, и правитель Цзан Карма Тенсунг Вангпо отхватил несколько округов от Уй, а значит, и новых налогоплательщиков. Положение IV Далай-ламы было отнюдь не блестящим. В 1606 г. он предпринял поездку на юг, ему оказали хороший прием в Недонге, но, когда он прибыл в Шигацзе, чтобы быть избранным почетным надзирателем монастыря Ташилунпо, Карма Тенсунг Вангпо, резиденция которого находилась в Шигацзе, не только не вышел встретить его, но и отказал ему в приеме. Тенсунг Вангпо скончался в 1611 г., и его сын Карма Пхунцог Намджал в качестве независимого правителя контролировал весь Цзан, Тох, Западный Тибет и часть Уй. Он не раз самостоятельно воевал с Бутаном. Далай-лама не имел над ним никакой власти. В 1617 г. IV Далай-лама умер в Дрепунге в возрасте 28 лет. Тело покойного кремировали, а пепел, как и жизнь его, поделили на две части — одна осталась в Дрепунге в серебряном чортене, другую увезли на родину, в Монголию.
Пользуясь случаем, Пхунцог Намджал в 1618 г. напал на Лхасу и, несмотря на отчаянное сопротивление монахов монастырей Дрепунг и Сера и мирян, захватил и разграбил город. Людей погибло множество, трупы усеяли весь холм у монастыря Дрепунг. Оставшиеся в живых монахи секты Гелугпа бежали на север в монастыри Раден и Таглун. Ряд, правда не самых крупных, монастырей секты Гелугпа в Уй были силой превращены в монастыри секты Кармапа. В Шигацзе, прямо против Ташилунпо Пхунцог Намджал тоже построил монастырь Кармапы, который он многозначительно назвал «Подавление Ташилунпо». Кармапа торжествовала. Казалось, крах Гелугпы был близок и неминуем. Найденного в 1619 г. нового перерожденца Йонтан Джамцо, V Далай-ламу Нгагбан Ловзан Джамцо (1617–1682), тщательно скрывали от чужих глаз, и никто не знал, кто он и где находится. Пора было монголам спасать дело рук своих.