7 января мореплаватели прибыли в Малинди, где за пять дней благодаря хорошей пище и фруктам, предоставленным шейхом, моряки окрепли. Но все равно экипажи так уменьшились, что 13 января на стоянке южнее Момбасы пришлось сжечь одно из судов. 28 января миновали остров Занзибар, а 1 февраля сделали остановку у острова Сан-Жоржи, у Мозамбика, 20 марта обогнули мыс Доброй Надежды. 16 апреля попутный ветер донёс суда до островов Зелёного мыса. Оттуда Васко да Гама послал вперёд корабль, который 10 июля доставил в Португалию весть об успехе экспедиции. Сам капитан-командир задержался из-за болезни брата – Паулу да Гама. В августе или в сентябре 1499 года Васко да Гама торжественно вернулся в Лиссабон. Возвратились лишь два судна и 55 человек. Тем не менее, с финансовой точки зрения, экспедиция Васко да Гама была необычайно успешной – выручка от продажи привезённых из Индии товаров в 60 раз превысила затраты на экспедицию.
Король по возвращении присвоил Васко да Гаме титул «дон», как представителю знати, и пенсию в 1000 крузаду. Однако тот добивался, чтобы его сделали сеньором города Синиша. Так как дело затянулось, король задобрил честолюбивого путешественника увеличением пенсии, а в 1502 году, перед вторым плаванием, присвоил титул «Адмирала Индийского океана» со всеми почестями и привилегиями. Патронаж над городом Синиш осуществлял Орден Сантьяго. Орден возражал, несмотря на волю короля, против того, чтобы Васко да Гама стал сеньором Синиша. Ситуация была обидной для Васко да Гама, который был рыцарем этого ордена. В 1507 году, окончательно поссорившись с Орденом Сантьяго по поводу Синиша, Васко да Гама вступил в ряды его конкурента – Ордена Христа.
Вскоре после возвращения из плавания в Индию Васко да Гама женился на Катарине ди Атаиди, дочери алкайда Алвора. Жена да Гама принадлежала к известной семье Алмейда, Франсишку ди Алмейда приходился ей двоюродным братом.
Второе плавание в Индию (1502–1503).
Сразу после открытия морского пути в Индию португальское королевство стало организовывать ежегодные экспедиции в Индию. Экспедиция 1500 года (2-я Индийская армада Португалии) возглавляемая Педру Алвариш Кабралом заключила торговый договор с заморином Каликута и основала там торговую факторию. Но португальцы поссорились с арабскими купцами Каликута, фактория была сожжена, и Кабрал отплыл из города, обстреляв его из пушек. Союз с Каликутом сменился войной.
Чтобы основать в Индии укрепления и подчинить страну, в 1502 году король Мануэл послал эскадру во главе с Васко да Гамой. Экспедиция включала двадцать судов, из которых адмирал Индийского океана располагал десятью; пять должны были препятствовать арабской морской торговле в Индийском океане, а ещё пять, под командой племянника адмирала, Эштевана да Гама, предназначались для охраны факторий. Экспедиция выступила 10 февраля 1502 года.
По пути Васко да Гама основал форты и фактории в Софале и Мозамбике, покорил арабского эмира Килвы и наложил на него дань. Начиная жестокими мерами борьбу с арабским судоходством, он приказал сжечь арабское судно со всеми пассажирами-паломниками у Малабарского берега.
Васко да Гама в последние годы жизни.
В октябре 1502 года флот прибыл в Каннанур. Местный раджа торжественно встретил португальцев и разрешил построить большую факторию. Загрузив суда пряностями, адмирал направился к Каликуту. Здесь он действовал решительно и жестоко. Несмотря на обещания заморина возместить убытки и сообщение об аресте виновников нападений на португальцев, адмирал захватил стоявшие в порту суда и обстрелял город, превратив его в развалины. Он приказал повесить на мачтах захваченных индийцев, отправил на берег заморину отрубленные у несчастных руки, ноги и головы, а тела выбросил за борт, чтобы их вынесло на берег. Через два дня Васко да Гама вновь обстрелял Каликут и принёс морю новые жертвы. Заморин бежал из разрушенного города. Оставив для блокады Каликута семь кораблей под командованием Висенте Содре, да Гама отправился в Кочин. Здесь он догрузил корабли и оставил в новой крепости гарнизон. Заморин с помощью арабских купцов собрал большую флотилию, которая 12 февраля 1503 года выступила навстречу португальцам, снова приближавшимся к Каликуту. Однако артиллерией кораблей лёгкие суда были обращены в бегство.
В октябре 1503 года Васко да Гама вернулся с успехом в Лиссабон. Король, довольный добычей, повысил пенсию адмиралу, однако серьёзного назначения честолюбивому моряку не дал. Только в 1519 году да Гама получил земельные владения и графский титул.
Между вторым и третьим плаванием в Индию (1503–1524).