Зельдович предложил докторский совет физфака МГУ. Однако, когда там посмотрели автореферат докторской, стало ясно, что все придется перепечатывать. Деканом физфака тогда был Василий Степанович Фурсов, который не переносил Зельдовича и о котором ходили слухи, что он связан с КГБ. Коллеги предупредили: если Фурсов увидит в реферате или диссертации имя Зельдовича, он может завалить защиту. Диссертанту пришлось сменить именные ссылки в тексте на безличные номера в надежде, что Фурсов не станет выяснять, кто за каким номером стоит, и таким образом замаскировать имя учителя в тексте. Главным оппонентом диссертации был Исаак Халатников, ученик и соавтор Льва Ландау. Однако по рассеянности Халатников забыл про защиту, и диссертанта чуть не провалили из-за нарушения процедуры. И тут роль «волшебного помощника» сыграл Рашид Сюняев, который немедленно был утвержден дополнительным оппонентом и тут же написал положительный отзыв. Такой процессуальный трюк удовлетворял всем формальностям и был возможен только потому, что совет уже располагал положительным письменным отзывом Халатникова. После удачной защиты Шандарина стали выпускать за границу все чаще.
Спустя несколько лет он перешел из ИПМ, где опять же из-за межличностных конфликтов, непосредственно к нему имевших мало отношения, все это время оставался на должности младшего научного сотрудника, в Институт физических проблем, знаменитый «Капичник». В конце 1982 года умер академик Илья Лифшиц, заведующий теоретическим отделом «Капичника», и директор института академик Капица пригласил на его место Зельдовича, но поставил условие, чтобы других астрофизиков или космологов в институте не было. В 1984 году Капица умер и в Институт физических проблем пришел новый директор — Андрей Боровик-Романов. И вот теперь Зельдович смог выбить для любимого ученика, новоиспеченного доктора, ставку старшего научного сотрудника. Но проработали они в Институте физпроблем вместе недолго — в декабре 1987 года Зельдовича не стало.
В последние два года перед отъездом в Канзас я оказался словно в изоляции, разговаривать стало не с кем, — вспоминал то время Шандарин. — Раньше мы беседовали с Зельдовичем почти каждый день, а после его смерти наступила пустота. Я жил одновременно в тени и при свете Зельдовича. Никто из тех, с кем я потом близко столкнулся в своей жизни, не достигал его уровня. Я задавал себе вопрос: что я смогу дальше сделать сам?
С 1987 до 1992 года Шандарин продолжал работать в «Капичнике». Он числился его сотрудником даже после отъезда в США летом 1989 года. Но для Института физпроблем космология была непрофильной областью — тут не было не только коллег с близкой тематикой, но даже необходимых книг и журналов в институтской библиотеке. Компьютер — один на институт, и тех программ, которые были нужны Шандарину для расчетов, на нем установлено тоже не было. Поэтому, когда пришло приглашение год поработать в Канзасском университете в статусе
Но возникло неожиданное препятствие со стороны американцев. Оказалось, что по закону штата Канзасский университет, который финансируется из местного бюджета, не имеет права тратить деньги на перелет через океан. И университет отказался покупать Шандарину билет. В свою очередь, в Управлении внешних сношений президиума Академии наук (УВС) ему сказали, что у них тоже для рядовых сотрудников денег на билет нет, а купить его самому тогда было невозможно. Почему? Попробуй объясни теперь студентам.
И тогда на помощь Шандарину пришел еще один «волшебный помощник» — Дэвид Уилкинсон, тот самый, в честь которого назван эксперимент WMAP (Wilkinson Microwave Anisotropy Probe). За год до этого Уилкинсон и Шандарин встретились на конференции в городе миллионеров Аспене в штате Колорадо. И тогда, словно предчувствуя надвигающиеся перемены, Уилкинсон сказал: «Если у тебя возникнут проблемы в Америке, дай мне знать». И вот теперь пришлось обращаться к великодушному коллеге с просьбой помочь пересечь океан. Уилкинсон прислал Шандарину билет с приглашением от Принстонского университета сделать у них доклад.