Рада возвращает Юрию Хмельницкому гетманскую булаву, но он явно негоден к этому посту. При первом же столкновении с войсками магната Любомирского, он позорно бежит, дает обещание уйти в монахи, а своим бегством с поля битвы ставит отряд Шереметева в очень тяжелое положение. Магнаты снова хозяйничают на правобережье Днепра (1660 г.). Южная Русь разорвана надвое. В 1663 г. Юрий Хмельницкий принимает пострижение, а старшина правобережья выбирает в гетманы агента Польши полковника Тетерю. Но на левобережье вздымается новая волна народного движения, возглавляемая протопопом Филимоновым, теперь принявшим иночество под именем Мефодия. Крестьянство требует не только единства с Московской Русью, но установления в Приднепровье ее администрации взамен сохранившегося еще с польских времен феодального самоуправления. Не шляхту, а царских воевод хотят мужики и собирают новую крестьянскую «черную раду» в Нежине, где провозглашают гетманом Брюховецкого. Противоречия новой южнорусской шляхты и крестьянства настолько обострены, что эта рада заканчивается избиением шляхты, часть которой спасается лишь под защитой царского посла князя Великогагина.
Теперь в Приднепровье два гетмана двух ориентаций и два митрополита двух юрисдикций, т. к. Мефодий избран на раде и утвержден патриархом всея Руси, блюстителем митрополичьего престола, а на правой стороне владеет митрополией ставленник шляхты Иосиф Нелюбович-Тукальский, утвержденный Константинопольским патриархом.
Пользуясь этой смутой, Польша делает новую попытку вернуть себе южную Русь при содействии гетмана Тетери, но успеха не имеет. В хаосе неудачной авантюры гибнут бывшие сподвижники Хмельницкого Выговский и Богун, расстрелянные поляками, а митрополит Нелюбович уведен в плен. Сам Тетеря бежит в Польшу, и на его место две враждующие между собой шляхетские группы выбирают двух гетманов – Опару и Дорошенко. В кровавом конфликте побеждает второй.
Так хозяйничает шляхта на правом берегу. На левом же происходит обратное: в 1665 г. гетман Брюховецкий, под давлением снизу, просит Царя окончательно ликвидировать шляхетские привилегии и феодальный порядок управления, введя русскую административную систему – царских воевод и выбранных всенародно целовальников, а также принять южнорусскую Церковь в юрисдикцию патриарха всея Руси.
В этой запутанной обстановке царь Алексей Михайлович заключает с Республикой длительное Андрусовское перемирие (но не окончательный мир), по которому предоставляет Польше правый берег Днепра, за исключением Киева, сохраняя левый, уже воспринявший народную государственность Московского царства.
Но пережитки польского республиканского феодализма еще не сдаются. Потеряв надежду на реальную помощь расслабленной вконец Республики, они ориентируются теперь на Турецкую деспотию и ее крымского и очаковского вассалов. Это сила! Ею соблазнен и Брюховецкий. В контакте с Дорошенкой и митрополитом Тукальским он нападает па русские отряды. Успеху предательского удара способствует бунт Стеньки Разина, охвативший Дон и Поволжье. К «пану Стехвану» Брюховецкий отправляет посольство с грамотами и подарками.
На помощь русским воеводам из Москвы выслан сильный отряд Ромодановского. Брюховецкий и Дорошенко прибегают к старому способу – привлечению всегда готовых к грабежу крымцев. Опираясь на них, Дорошенко аннулирует гетманство Брюховецкого и самого его убивает.
Но на левобережье снова вспыхивает крестьянское движение, во главе с пламенным сторонником Москвы нежинским протопопом Семеном
Адамовичем. На гетманский пост выдвинут им Многогрешный, которого Царь утверждает.
Таким образом, в начале семидесятых годов XVII в. на южной Руси снова три гетмана: Многогрешный на левом, московском, берегу, а на правом – принявший турецкое подданство Дорошенко и ставленник Польши – Ханенко, захвативший при помощи Яна Собеского Немиров, Брацлав и Могилев. Митрополита же два: Лазарь Баранович, от патриарха всея Руси, и Иосиф Тукальский, посвященный Константинопольским патриархом.
Дорошенко удается вовлечь в южнорусские дела саму Турецкую Империю. Падишах Магомет IV ведет разом на Русь и на Польшу огромное трехсоттысячное войско. Поляки и Ханенко разбиты. Неприступный Каменец взят. Республика покупает мир дорогой ценой, уступив всю южную Русь султану с обязательством выплачивать еще ежегодно крупную дань.
Московское Царство поставлено теперь один на один против могущественнейшей в то время Оттоманской Империи. Но оно не складывает оружия. Ромодановский и новый гетман Самойлович удачно действуют против крымцев. Султан не может прокормить своего огромного войска в разоренной дотла стране и уходит, привлеченный новыми агрессивными целями, направленными против Вены, но сохранив полученное по договору с Польшей право на южную Русь и оставив там своим уже гетманом Дорошенко. Тем не менее, власть этого гетмана шатка. Весь южнорусский народ и даже часть шляхты против турок. При нажиме Ромодановского Дорошенко сдается, выговорив выгодные для себя условия: службу воеводы в Московском царстве и поместье в тысячу дворов.