Постепенно проза занимает основное место в творчестве Шессе. Он пишет рассказы и повести, и в 1962 году в издательстве «Галлимар» выходит его книга «Открытая голова», весьма благожелательно встреченная критикой. За эту книгу Жак Шессе был удостоен высшей литературной награды Швейцарии — премии Шиллера, что сразу поставило его в ряд ведущих швейцарских писателей. В дальнейшем книги Шессе следуют одна за другой.
В 1967 году в издательстве «Кристиан Бургуа» публикуется повесть «Исповедь пастора Бюрга» — рассказ о пасторе, ставшем любовником юной прихожанки и погубившем свою любимую. Против этой книги резко выступила церковь, разразившийся скандал вызвал дискуссию в швейцарской прессе и способствовал росту популярности книг Шессе.
В 1969 году он публикует роман «Портрет Вальденсов», который был переведен на английский и немецкий языки, имел большой успех в европейских странах и США. После «Портрета Вальденсов» критика стала сравнивать Шессе с Мопассаном.
В 1971 году в издательстве «Грассе» вышел автобиографический роман «Карабас». В этом же издательстве выходят все последующие книги Шессе. Помимо романов («Людоед», «Кальвинист», «Иона», «Смерть праведника» и др.), Шессе издает поэтические сборники, а в 1991 году выпускает эссе о Флобере. Последняя его книга — сборник новелл «Двойник Святого» (2000).
Вышедший в 1973 году роман «Людоед» удостоен Гонкуровской премии.